玄野・和泉の両雄を失ったままに新たなミッションへと転送されてしまうメンバーたち。玄野の死を悼む余裕すらなく、たどりついたその場所はどこか見慣れない場所。眼前に広がっていたのは、大阪・道頓堀の街並みだった…。そこで、メンバーが出会ったのは同じガンツスーツの見知らぬ一団。彼らは敵か味方か!?　シリーズ最大の破壊と蹂躙が幕を開ける新章ガンツ！

道頓堀を舞台に星人達との戦闘は激化の一途…。続々と現れる妖怪タイプの敵に、歴戦の大阪ガンツチームも次々に倒れていく。そんな中、一般人を救うべきか、自らの生き残りに集中すべきか葛藤する加藤がついに決断を下す。加藤の正義感は冷め切った大阪チームの心を溶かすことができるのか…!?　前代未聞のスペクタクルが大阪を駆け、完膚なきまでに叩き壊す！

歴戦の猛者ぞろいの大阪チームの奮戦で、雑魚妖怪はほぼ一掃したガンツチーム。勢いに乗った大阪メンバーは「100点」を獲得できるさらに強大なボスクラスへと挑戦する。巨大、そして強大…！　これまでとはレベルの違う戦闘の連続に東京メンバーはただ見守ることしかできない。そしてついに降り立ったラスボス・ぬらりひょん。その絶望的な強さの秘密とは…!?

自在にその姿形を変え、あらゆる攻撃をもってしても息の根を止められないラスボス・ぬらりひょん。大阪チームの大半が屠られ、ついに東京チームも強制参加。だが千変万化するその攻撃に次々に倒されてしまうメンバーたち。その時、ずっと姿を隠していた7回クリアの男・岡八郎が武器を取る。未知の巨大兵器を駆る彼の勇姿に人類最期の希望は託されたのだった!!

1人また1人とメンバーが斃れていく中、致命傷を負ったタケシを救うために、風がぬらりひょんにタイマンを挑む。初めて敵に恐怖を感じ、竦む自分を鼓舞しながら全力でラッシュをかける風だが、ぬらりひょんの余裕を崩せない…。一方、残された東京チームは岡が残した言葉をヒントに決死の攻撃を敢行する。長きに渡る戦いの終焉、最後に生き残るのは一体誰か…!?

熾烈を極めた大阪編を乗り越えたのも束の間、ガンツに表示された謎の数列に動揺するメンバーたち。西が断言する世界の終わり＝カタストロフィまで、残された時間はあと一週間。何が起きるのか知るよしもないまま、メンバーたちは日常へと戻っていく。だが平穏は刹那、突如開始されるミッション。海を越えた某国での凄惨な戦場で「最後の戦い」が幕を開ける…!!

謎の秒読みを始めたガンツからの最後のミッションはなんと異国の地・イタリア。多国籍のメンバーが一度に集められた大規模バトルの星人たちはかつて大阪チームが用いていた強力な武器やスーツを使っていてすらも瞬殺される戦闘力。生き残るのは誰か、そして生き残った者たちが見たものとは!?　終局に向かって大きな力に侵されゆく、世界の黄昏を目撃せよ…!!

朱く染まる空。アメリカ合衆国壊滅。不吉な予兆は具現化し、未知なる者の牙はついに日本に突き刺さる。人類の歴史全てを圧倒する異文明の襲来。蹂躙は続き、全ては焦土へと変わっていく。最後の希望は世界に散るガンツチームに託される…。衝撃的なスケールで描かれた両観音パノラマ見開きをフルカラーでそのまま掲載。誰も見たことのないその時を目撃する。

壊滅していく世界を眼前にしつつ生き残りを賭けて多恵と共に移動を始めた玄野。避難場所と決めたホテルでの安息も束の間、すぐに敵の強襲を受けてしまう。多恵を守ろうと抗う玄野だが、終わったはずのガンツの転送が突然始まり見慣れぬ場所に降り立つことに。そこには日本中のガンツチームが集結し、敵母艦への反撃の準備が進んでいた。人類の反逆が始まる。

人類を急襲し、瞬く間にアメリカを無力化、地上を蹂躙し続ける謎の巨大飛行物体とその主達。大都市を完全に破壊した後、残された人々への個別攻撃を開始した異文明の脅威に為す術もなく屍の山が築かれていく。そんな中、連れ去られた多恵を追って、巨大飛行物体内部に侵入した玄野は、ただ一人で反撃を開始する。多恵に襲い来る過酷な運命に抗えるのか…!?