蹂躙し尽された人類。焦土と化した東京で、生き残ったガンツメンバーはそれぞれの戦いを開始する。ガンツ部屋に戻り、打開のヒントを得ようとするもう一人の玄野たち。一方、敵巨大戦艦に囚われた多恵を追う玄野は内部の人間たちを救うためにただ一人孤独な戦いを開始する。絶望的な戦いの先に光明はあるのか。被虐と加虐が曖昧になる反逆の章、ついに開始!?

全国から集まった救出チームのメンバーたちは消毒槽で死を待つばかりの人々を続々と救出していく。意外なほどの順調な進展に拍子抜けするメンバーだったが、脅威はその間隙に襲い来る。一人脱出を試みる玄野、逃走を続ける多恵、報復を誓う桜井。そして攻略の手がかりを見つけた西。ガンツの部屋にも異変が起こり、物語は激転する。戦いは新たな段階へと進む。

弄られ、見世物にされ、虐殺される。選りすぐりのガンツチームですら、闘争と呼ぶにはあまりに絶望的な戦力差。加藤たちは次々に襲い来る、今までとは次元の異なる凶悪な強さの怪物と対峙する。そして多恵を捜す玄野に差した一筋の光明とは。探索を続ける西はガンツの鍵を握る、何を見つけたのか。巨大に過ぎる巨に、決死で生き足掻く人類の抵抗が始まる。

遂に再会を果たした玄野と多恵。しかし直後に待ち受けていたのは新たなる転送だった。ハードスーツに身を包み、極大兵器に強制搭乗する戦士達。これが最後のミッション──それは真実か否か、しかして人類の反逆の進軍は開始される。同時刻、ガンツのハッキングに成功した西の思惑。そしてもう一人の玄野の孤独な闘いと身を案じるレイカの想いの行方は…!?

異文明への反逆の希望…極大兵器に搭乗し破竹の勢いで進攻を続ける桜井。しかし憎悪で擦り切れた精神は限界を迎えようとしていた。暴走する自意識の果てに現れた彼を見守る者の正体とは。そして愛する者を再び救出するため、空を駆ける玄野。今なお野望に胸を焦がす最凶の少年・西。両者が対峙するとき、一つの物語が決着を迎える。譲れぬ男達の闘いの結末は。

ガンツの転送技術と情報をフルに活用し、ついに人類は異文明の脅威を追い詰めることに成功する。勝利の希望に沸くチームが突如転送されたのは「真理の部屋」と呼ばれる謎の異空間だった。人類を襲った異文明の正体とは？　ガンツとは一体なんなのか…？　玄野たちは何故戦わなければならなかったのか？　ベールに包まれた最大の謎の数々がついに明らかになる…!?

人類を襲った未曾有の危機はガンツチームの活躍によりその勝利を目前としていた。だがしかし、敵の英雄イヴァは最期の戦いを欲し、玄野を名指しして決闘を挑む。応じなければ人類もろとも自爆するとの宣言に玄野はただ一人、再び敵母艦へと向かうのだった…。　長き戦いに遂に打たれる最期の終止符。極限スペクタクルで贈る人類の命運をかけた戦いの行方は…!?