“神通力”を持つ人間を「ヒミコ」、そして国家資格を得たヒミコを「神さま」と呼ぶ現代。祖母亡き今、ナギの実家の陽美谷神社がある町は神さま不在で困っていた。能力を引き継ぎ「ヒミコ」である双子の兄・たけるは引きこもり。神社を何とかするには自分が頑張るしかない！と思っていた矢先、町の子供が神隠しに遭ったという噂を耳にして…？スピリチュアルスクールドラマ、ここに堂々開幕――!!

神さま学校に入学することになったナギは、サバイバル演習という難題にいきなりぶつかる。皆が神通力を用いて助け合う中、まだ能力の分からない自分は役立たず。せめて皆を労いたいと一人で食料を探しまわっていた時、禊中の神さま・月読命と出くわしたナギは…？そして、演習中に最大のピンチが訪れる！悪戯なトータに神通力を使って欲しいのだが、それをかたくなに拒む彼の隠された本音とは――…？超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、絆深まる第２巻！

サバイバル演習も無事終わったかと思いきや、中間テストというピンチがナギにふりかかる！成績優秀なトータに教えを乞うナギの持っていたたける人形に邪気を感じ取った彼が頭を引きちぎってしまう…！なんと「呪い人形」だった<たける人形>が襲いかかってきて…!?「真実を確かめなさい」超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、衝撃の謎が明かされる第３巻！

神通力別に師事する講師を決めなければならないが、まだ能力が判明していないために困るナギ。師事したい生徒に追い掛け回されて同じく困っているツクヨミとホシノに「ツクヨミの生徒になってみないか？」と持ち掛けられたナギだが…!?超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、謎多き月読命にせまる第４巻！

いよいよ体育祭がスタート！能力不明のため、神通力別の競技に参加できないナギ。ナギから何かを感じ取ったツクヨミに深夜の校庭に突然呼び出されたり、不思議な優等生が接触してきたり、体育祭ゲストの変な（？）神さまも絡んできたり、ナギの周りは大混乱――!?超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、陰謀渦巻く第５巻！

体育祭で盛り上がる中、ナギが何者かに空間移動させられる。彼女を攫ったのは“スサノオ”様…!?そして、ガラン先生との特別授業でついにナギの能力が明らかに――!?超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、未来を切り開く第６巻！

遊園地で事件に巻き込まれるナギたち。その首謀者はガラン先生…!?事態を把握できないままナギの身体が何者かに乗っ取られて…？超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、闇に邂逅する第７巻！

職業体験でトータの実家「江道大社」にやってきたナギ。月読命、夜刀神、そして実家が嫌いだというトータも同行することに。A組の優等生・ざくろとの出会いにより、江道家の謎に触れるナギだが…!?超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、トータにせまる第８巻！

ざくろと江道大社の謎を探るナギは、地下牢に閉じ込められているトータを見つける。秘匿された「予言書」の真実に触れたその時、トータの姉・木花咲耶姫が地下牢の異変に気付いて…!?超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、嘘と真の第９巻！