玄野に執拗に興味を持つ転校生・和泉は、自らがかつてガンツに召還されていたことを玄野に告白。星人狩りの刺激と興奮を再び手に入れるため、ガンツの命令に従い、新宿で大量虐殺を行うと予告する。そして、犯行の日曜日。恋人・小島を新宿に誘き出されたことを知り新宿に急ぐ玄野。しかし、到着を待つ間もなく、新宿は和泉の凶行により血の海と化していく…！

新宿で虐殺事件を完遂した和泉。小島を人質にとられた玄野は都庁の展望室で直接対決することに。勝負は相撃ちに終わるが、絶命寸前、2人はマンションへ転送される。今回のミッションの相手は、恐竜。スーツを着ていない玄野は15点以上の獲得を義務付けられ窮地に。一方、念願のガンツ世界に復帰した和泉は、単身、星人に戦いを挑み次々と撃破していく！

スーツを着た初老の男とタッグを組んでかっぺ星人たちに応戦する玄野は、新兵器であるバイクを操り、次々と大型恐竜の群れを倒していく。その姿に、周囲の人間たちは、玄野をリーダーに指名。初めて周囲から認められた玄野は、皆を守る為に、先頭を切って戦う。脳裏に浮かぶ加藤の姿。玄野は、かつての加藤に思いを馳せながら、リーダーの自覚を抱き始める――。

スーツ未着用ながら、最後の標的である巨大な首長竜を仕留めた玄野。しかし、ミッション終了と思われた矢先、見知らぬ黒服の男達の襲撃が！　正体不明、玄野も和泉も知らない敵の出現に生存者の多くが転送前に犠牲になる。日常へ戻った後も生存メンバーと結束を固める玄野。だが、ミッション外でも干渉してくる黒服集団に、平穏はあっさりと崩されていく…。

渋谷で黒服軍団の襲撃を受けた玄野と和泉だが、加勢を拒否する玄野を嘲笑うかのように和泉は単独で黒服軍団を一掃する。一方、日常時に攻撃を受けたことにより、小島に被害が及ぶことを恐れ始めた玄野。そんな折、玄野とアイドルのレイカとの密会が発覚。小島との別離が訪れる。悲しみに耐え、ミッションに挑みつづける玄野。だが、ガンツが表示した標的は…。

ガンツの指名したターゲットは小島多恵。玄野派・和泉派の二つに分かれた人対人のバトルはついに、命のやりとりの域に。恋人を守るために、初めて人を殺めてしまう玄野。しかし、奮闘むなしく小島は和泉の刃にかかってしまう…。大切な者を再び失った絶望の淵、だが玄野は100点到達の特典メニューを知る。その中には、「死亡したメンバーを再生させる」項目が…。

「100点到達すると死亡したメンバーを再生できる」事を知った玄野。死んだ仲間たちを復活させるため、決意を新たにミッションに挑む!!　生き残る可能性を上げるため、平時から訓練してきた玄野たちだったが、新たなターゲット「オニ星人」もまた人間同様の知能・言語を有する組織化された集団だった。スーツの弱点すら知る星人たちの強襲にそれぞれの戦いが始まる!!

大規模な組織力と多彩な能力を有する「オニ星人」との戦いは激化の一途。幹部クラスの星人たちを撃破したメンバーの前に、ついにボスが沈黙を破って街に降り立つ！　メンバー・一般人の区別なく人類全てを殺戮せんと荒れ狂う、史上最強の破壊力に対抗策は存在するのか!?　チームの姿が衆人に露見し、タイマーも消失する中で、舞台は新しい局面へと胎動を始める…!!

街ごと破壊せんと荒れ狂う、史上最強の敵、オニ星人のボス。疾風の如きスピードとガンツスーツも防御できない雷攻撃に圧倒されるメンバーたち…。だが一人一撃の捨て身攻撃により形勢は逆転へ！　決着は玄野と和泉の最強コンビに託される！　倒せば100点到達確実のバトルの行方は？　そしてガンツは死んだ人間達を再生できるのか？　事態は加速度的に新局面へ突入!!

解放と引き替えにして記憶を無くした玄野を訪れた雑誌ライター。ガンツチームのリーダーとされる人物「くろのけい」を探してきた男が語る意外な事実とは…!?　戸惑う玄野に告げられた襲撃の警告と、帰宅中の和泉を襲う吸血鬼の群。ガンツチームの「最強の2人」が直面する最悪の戦い。その全てが終わるとき、物語は新たなるステージへとフェイズシフトする…!!