満足な医療設備も整わぬ絶海の孤島、古志木島に現れた外科医・五島健助。理由もなく白眼視される彼だがその献身的な姿に、島民達は次第に心を開いていく......Dr.コトーと島民の心の交流、感動の医療人間ドラマ。医療は体だけじゃなく心をも癒すもの、そんな大切な事を再確認させてくれます。

古志木島に雑誌「週刊トポス」の記者、巽謙司という男がやってきた。巽は、自分の妹を3年前に交通事故で亡くしており、その原因が当時の担当医であったコトーにあると島民へ説明する。コトーを許す事が出来ない巽は、医療界から彼を追放しようと執拗に彼を責めていた。コトーに反感を持つ漁労長・しげさんは、その話を聞きコトーへ島から出ていってくれと詰め寄る。コトーへの信頼と疑念で揺れる島民たち。そんな時、大雨が降り出した島で土砂崩れが起きて……。

その日、診療所は少しだけ浮かれていた。以前にコトーが治療した芦田代議士から、高価な医療機器が届いたのだ。すると突然、駐在がやってきて岬で難破船が発見された事を告げる。難破船や付近に人の気配はなく、海上保安庁へ確認したところ日本国内で遭難した届出はなかった。怪しい人物を見かけたら通報するようにと言い駐在は診療所を後にする。その夜、怪我人を診て欲しいと診療所へ3人の男がやってきた。傷口を見たコトーはそれが拳銃によるものだと気が付くが……。

東京・天津堂大学付属病院に、政治家の熊谷が入院した。熊谷は重度の癌を患っており、普通ならば既に手術も不可能な状態である。かつてコトーが在籍していたこの病院で時期院長を狙う奥村は、リスクが高いことを承知で手術をする事を決めた。そして、失敗しても自分たちへの影響が減らせるようにコトーへ執刀を依頼する。一度は断ったコトーだったが、島までやってきた奥村の説得に折れて東京へ行くことを決める。しかしそこには、奥村や後輩・三上の陰謀が待ち受けていた。

診療所に、古川公平という老人が訪れた。彼は、自分が末期癌である事を知っていて「私はこの島に、死にに来たんです」と語る。古志木島でただ死を待つ事を望む古川に、コトーは彼の命をわずかでも延ばそうと手術を提案する。古川が死に場所に古志木島を選んだのには、特別な理由があった。41年前、彼はこの島の診療所で医者をしていたのである。

タケヒロがツチノコを発見したと言うが、友人の誰にも信じてもらえない。そこでコトーとクニオに付き合ってもらい、もう一度探しに出るタケヒロ。しかし、タケヒロと言い争いになったクニオは先に帰ってしまう。コトーとタケヒロも諦めて帰ろうとしたその時、足を滑らせた2人は崖下へ転落。コトーが大怪我を負い、動けなくなってしまう。誰にも気付かれないまま日は落ち、降り出した雨が強まり始めて……。

全国ツアーの打ち上げ旅行で古志木島へやって来た、ミュージシャンの下江田永時（エイジ）。しかし、事務所が用意した別荘は何年も使われていないボロボロの屋敷でエイジは機嫌を損ねてしまう。そして同行者が不在の間、蜂に刺されたエイジが重度のショック症状を起こして診療所へ運ばれた。呼吸ができなくなってしまったエイジは、コトーがのどを切開する手術を行って一命をとりとめる。しかし、目覚めたエイジは声が出なくなってしまっていた。医療ミスだと責められるコトーだが……。

シンポジウム出席のためコトーが古志木島に不在となる1週間、代理として織田という研修医がやって来た。悪い人ではないが、診療室で音楽を聴いたりサッカーボールを持ち込んだりと自由奔放。軽薄な大学生のような雰囲気に、不信感を抱く星野。しかし、診療所を訪れたクニオが鼻血を出すとすぐに血液検査をするように指示を出す。大袈裟ではないかと疑う星野だったが、直後にクニオが吐血してしまい……!?

いつかコトーが古志木島から去ってしまうのではないかと心配する、村長と助役。島に永く居てもらうために、2人はコトーと星野との結婚を画策する。村が用意したコトーの家を新居とすべく訪れるが、そこは使われている様子が無い。仕方なく、残されている荷物を診療所へと運んできた。星野はその中に、女性と写るコトーの写真を発見する。さらに、「死んでみてよ」という意味深な手紙を見つけてしまい……星野はコトーの過去に触れることに。

かつてコトーと対立していた、三上新一。しかしコトーの言葉に影響を受けた後、大学病院を辞め離島の医者となっていた。三上の患者・藤原達夫は余命幾ばくもない老人で、延命治療に対して「楽にしてくれ」と言う。しかし、達夫が長年手入れしてきた杉林に未練がある事を彼の娘から聞いた三上は患者と死にどう向き合えばいいのか悩んでしまう。そしてその晩、達夫がいなくなったという電話が届いて……!?