韓国大統領の来日に向け、警備に追われるNPS隊員たち。しかし、雑用を押し付けられた神御蔵の近くで無差別殺傷事件が発生。犯人の命を奪ってでも事態を解決する制圧部隊SATが出動したため、NPSの出番はないとの命令だが、たまらず駆け出した神御蔵が見たものは…!?

日本警察最後の砦として、テロ・凶悪事件を制圧（犯人を殺してでも、国家の安全を守る）する“ＳＡＴ”と、どんな凶悪犯でも殺さずに確保する事を信条とした新参者“ＮＰＳ”…二つの特殊部隊は対立しながらも、同じ現場に出動する機会は増えつつあった。そんなある日、武闘派ヤクザが人質を取ってビルに立てこもり、銃を乱射する事件が発生し…雑誌掲載時大反響だった『命の盾』編収録!!!

“ＳＡＴ”と“ＮＰＳ”対照的な二つの部隊の合同訓練が急きょ実現。各競技の成績はＳＡＴ優位で進むが、最後の種目“エントリー訓練”を前に、人質役で参加すべく訪れた横川警視が何者かに拉致され!?

合同訓練の最中、訓練に参加していた警視が何者かに拉致された！　“最後の砦”であるはずの特殊部隊が出し抜かれるという前代未聞の事件に、警察上層部に激震が走る！　この事実が外部に漏れれば日本警察の存在が根底から覆される！　上層部は現場にいたＳＡＴとＮＰＳだけで隠密裏に事件を解決する事を厳命…はたして様々な制約がある中、ＳＡＴとＮＰＳが共闘しマル被を追い詰めて行くが、事件は思いもよらぬ展開を見せ始め…!?

ＮＰＳ隊員の束の間の休日、隊員の一人、古橋の自宅に一人息子の史朗が訪ねてくる。史朗は、離婚した元妻と暮らしており、今は離ればなれ。久々の再会に戸惑う古橋は、史朗来訪の真意に気づけず、史朗を深く傷つける結果に…父子はお互い歩みよれぬまま、史朗と迎えにきた元妻は高速バスに乗り帰路につくが、そのバスがバスジャックされてしまい!?

警察庁に新設された、どんな凶悪犯でも殺さずに確保する事を信条とした特殊部隊“ＮＰＳ”…そんなＮＰＳ隊員・古橋の元妻と一人息子・史朗を乗せた高速バスが埼玉県でバスジャックされた!!埼玉県警察が事件に対応するが、特殊部隊による狙撃で高速バスはタイヤがバースト、東京と埼玉の県境にあるトンネル内で停車してしまう…現場に駆けつけた古橋は単独でマル被との人質解放交渉に臨むが…!?

ＮＰＳの副官・速田はかつてＳＩＴ(警視庁刑事部捜査第一課特殊犯捜査第１係）に在籍し、将来を有望視される新人だった。ところが、ある誘拐事件の重要参考人と恋仲に落ちてしまいＳＩＴを去ることに…それから４年…かつての誘拐事件と酷似した手口の事件が発生！速田の彼女が再び捜査線上に浮かび上がる！彼女の無罪を信じる速田は単身捜査に乗り出すが、それは、古巣・ＳＩＴとの対決を意味し…!?

神御蔵の機動隊時代の同期で、現在、内閣官房長官付きのSP・荒垣が職務中に突然姿を消した！荒垣は極めて優秀な警察官で職務態度もマジメ、私生活も第1子の出産を間近に控え順風満帆、失踪する理由は一切見あたらない…審議官からの極秘の指令によりＮＰＳが捜査に乗り出した矢先、荒垣を誘拐したという男から連絡が。男の要求は「ＳＡＴとの直接対決」だった!?

縁上の事件解決を機に蘇我がＳＡＴに戻る事になり、代わりに新しい狙撃手がＮＰＳに加入してくる…が、その人物がトンデモないヤツでＮＰＳは大混乱!!　そんな矢先、かつてない大規模なテロが首都圏を襲う!!チームとしてのまとまりが取れないまま、出動を余儀なくされるＮＰＳだったが、そのテロの首謀者が、かつてＮＰＳとＳＡＴを苦しめた、“あの男”だとわかり!?

「反原子力」の世論の高まりを受けて、政府はプルトニウムの一部国外返還を発表。プルトニウム１．８トンを載せた輸送船｢第２あかつき丸｣が、フランスへ向け出航する。しかし、出航後間もなく宮城県沖で、「第２あかつき丸」がシージャックされた！首謀者は、かつてＮＰＳとＳＡＴを苦しめたテロリスト・正木!!　はたして、その目的は!?そして、日本政府の対応は!?