砂がすべてを覆い尽くす世界。砂の海を漂う巨大な漂泊船“泥くじら”で暮らす少年チャクロは、誰ひとり見たことのない外の世界に憧れを抱きつつ、仲間たちと変わらぬ日々を過ごしていた。そんなある日、突然漂着した廃墟船の中で、チャクロは1人の少女と出会う…。

砂の海を漂う巨大な漂泊船“泥クジラ”の子どもたちは外の世界に憧れていた。記録係の少年チャクロは無邪気な好奇心から。問題児グループ“体内モグラ”のリーダー・オウニは焦りから。たった30年という命を宿命付けられたこの世界で、彼らはそれでも希望を探していた。やがて砂海の果てから、災厄がやってくるとも知らずに――。「この島が、私たちの大事な世界のすべてだった」

楽園の500人に、選択の時……。 話題沸騰、“喪失”の砂漠戦記! 砂海の巨船“泥クジラ”に危機は迫る。 奇しくも、彼らの脅威は大人たちだった。 砂海の果てよりやってきた侵略者。 いちはやく未来を放棄した長老会。 その命令にただ従う自警団。 子どもたちは選択する。 それはきっと、善悪ですらなく、 彼らにとって必要であったから……。

こどもたちの戦争は佳境へ……。砂嵐の中で次々と倒れる“泥クジラ”の仲間たち。希望を、覚悟を、約束を、胸に抱いたまま散り果ててゆく。そんな悲しき戦場の片隅で、いま二つの“狂気”が相見えようとしていた。

「ぼくらはきっと、ある時一斉に夢をみるんだ」 “帝国”の危機が去った泥クジラにやってきたのは、未知なる国の来訪者。“別れ”ばかりを重ねたこの島で、新しい出会いとなるか。その頃、チャクロは人ではない少女エマに導かれ、新たな“旅”へと出発していた。深く深く、この物語の根源の旅へと…。

泥クジラのヌース・ファレナが吸っているのは感情ではなく、もっと残酷なモノだった。たった一つだけの楽園を覆う“呪い”に気づいた時、泥クジラの民たちはそれぞれの思惑で動き出す……。

新天地アモンロギアを目指して未知の航路を進む泥クジラ。時にその航海は、時空さえも越えてはるかな時代へと旅をする。その深き底で待つのは……誰？

泥クジラの深層を進むチャクロたちは、過去の記録が壁を埋め尽くす“ミゼンの部屋”に辿り着く。そこで見つけたのは、かつてこの部屋で悪霊として誕生した“ミゼン”の記録…。小さな闇が光になろうとした、そんな悲しい記録だった。

いくつかの謎が明らかになった。いくつかの別れもあった。そして今、泥クジラは新天地アモンロギアの目前へと辿り着く。長き航海を終えて、チャクロたちはついに安住の地を見つけられたのか……?

新天地アモンロギアに到着した泥クジラ。しかし、領主ダクティラは謁見に訪れたスオウたち無印を捕らえ、人質にしてしまい……!?