ワル中のワルたちが送り込まれる、一度入ったら出られない最凶最悪の高校「要塞学園」。同じ日に転入してきた3人の2年生、舛田弦太郎・多岐沢樹・真藤明は早々に暴力教師や不良生徒たちの洗礼を受けるが、明の圧倒的な力で窮地を切り抜ける。寡黙だが人間離れした力を持つ明、友情に篤い弦太郎、実は女の子の樹……絶対的権力を持つ学園長の下、校紀粛正委員会に目を付けられた3人の、秘密多き学園でのサバイバルが始まった!!

最凶最悪のワルが集められた「要塞学園」。同じ日に転入した弦太郎・樹・明たち生徒が挑む、月に一度のオリエンテーリング……ジャングルでのサバイバル！　巨大蛇に襲われ、アシストするはずの校紀粛正委員会・御厨も殺人バイクで追い打ちをかける！　危機一髪の明たちの前に現れ、御厨を倒したのは……半人半獣の化け物だった!!　元・生徒だという異形の怪物が語る、驚愕の真実！　「要塞学園」の秘密が明らかになる!!

地獄の校外授業から生還した弦太郎・樹・明は、ついに学園の秘密を知る。集められた不良学生たちは学園長の実験材料だった！　校紀粛正委員会委員長・美鳥川絵麻も古代魚に変異して明を襲うが、逆に再起不能にされる。実は真藤明は実験体1号で、失敗作として行方不明になっていたのだ。明を発動させるため、格闘教師・黒崎の授業が始まる！　マンモスの変異体に満身創痍……その時、明の体が!?　明の正体が露わになる！

最悪の不良たちを集めた「要塞学園」。同じ日に転入してきた弦太郎・樹・明は、学園長が生徒を実験材料にして怪物を創り出している事実を知り、捕らえられてしまう。実験体1号の明だが、その変異体は学園長が期待するアロサウルスではない異形の怪物だった！　情報を隠して研究を暴走させる学園長に対し、プロジェクトの発案者である日本政府が動き出す。一方、弦太郎は学園を打ち倒すために不良たちをまとめようとするが……!?

最凶最悪のワルが集められた「要塞学園」に同じ日に転入した弦太郎・樹・明。学園が生徒たちを実験材料にして怪物を創り出している事実を知るが、学園長に捕らえられる。政府の女スパイの手引きで逃げ出した弦太郎は、学園をつぶすために必死の思いで不良たちをまとめ上げ、生徒たちの大反乱を起こした！　学園側の反撃で犠牲を出しながらも、学園中枢部に迫る!!　過激なクライマックスに突入する！

全国から最悪のワルが集められた「要塞学園」に、同じ日に転入した弦太郎・樹・明。学園は、日本政府の命により生徒を遺伝子改造の実験材料にして、超人的な戦士を創り出す研究施設だった！　実験体1号である明の未知なる変異に、学園長は目指す究極の生命体の可能性を見出す。一方、弦太郎を先頭に自由を求めて反乱を起こし、学園側と死闘を繰り広げる不良生徒たち……そこに政府が送った軍隊が到着！　三つ巴の大乱戦に突入!!

地下深くの研究室で、明の特異な変異に研究を暴走させる学園長！　地上では生徒たちの大反乱で学園の瓦解が迫る中、学園長の暴走に業を煮やした政府からの軍隊が到着！　学園長は最後の切り札・3人の改造戦士を解き放つ！　黒崎や“三獣士”との死闘の連続で、更なる変異を遂げる真藤明……彼の正体と、行き着く先は!?　学園長の野望の果てには!?　ド迫力のSFバイオレンス学園アクション、ついに終幕へ!!