父を殺し、母を攫（さら）った剣客集団『逸刀流（いっとうりゅう）』に復讐を誓う少女・浅野 凜（あさのりん）は、「百人斬り」の異名を持ち、己の身体に血仙蟲（けっせんちゅう）という虫を寄生させることで不死の肉体を持った剣士・万次（まんじ）を用心棒として雇い、逸刀流の統主である宿敵・天津影久（あのつかげひさ）を追う旅を始める――。

逸刀流（いっとうりゅう）への復讐のための探索を続ける万次（まんじ）と凜（りん）。黒衣鯖人（くろいさばと）、凶戴人（まがつたいと）との死闘を終えた万次が出くわした次なる刺客は、虚無僧の姿をした剣士・閑馬永空(しずまえいくう) 。閑馬は、身構える万次に「共に天津影久を消し、逸刀流を乗っ取る」という話を持ちかける。閑馬もまた、万次と同じように血仙蟲（けっせんちゅう）を身に宿し、200年もの時間を生きる不死者だったのだ――！

黒衣、閑馬といった屈指の強者を万次に討ち斃（たお）され、少なからず打撃を受ける逸刀流。徐々に打倒・逸刀流へ近づく万次と凜に、逸刀流統主・天津影久(あのつかげひさ) すらも畏怖する最強剣士・乙橘槙絵(おとのたちばなまきえ) が真の力を解き放ち、襲いかかる！　己を遥かに上回る実力を持つ槙絵を相手に、万次の死闘が幕を開ける――!!

万次と凜が息抜きに訪れた縁日で遭遇したのは、“逸刀流”剣士・川上新夜(かわかみあらや) 。普段は仮面屋を営み、一人息子を養う父親であるその男こそ、凜の母を蹂躙（じゅうりん）し辱めた張本人であった――！　新夜の息子・練造（れんぞう）との出会いから、直接新夜への復讐を遂げようとする凜。ひとりの父親となっていた仇に、凜は……。

「人の恨みってこんな風に……誰かが死なないと消えないの？」　川上新夜(かわかみあらや) を討ったものの、凜にとっては後味の悪い結末となってしまった。一方、逸刀流の剣士が相次いで暗殺される事件が起こる。そこには逸刀流とは異なった異能の暗殺者達の影があった――。かつて万次と死闘を演じた逸刀流剣士・凶戴斗(まがつ たいと) は、襲撃を受けながらも生き残り、統首・天津影久(あのつ かげひさ)に手がかりを伝える。

百淋（ひゃくりん）ら謎の暗殺集団『無骸流（むがいりゅう）』に招かれた万次と凜。逸刀流（いっとうりゅう）統首・天津影久(あのつかげひさ) を討つという共通の目的を持った両者は、一時的に共闘する事になる――。月刊アフタヌーン誌上に登場するや、その圧倒的な画力・大胆な演出・斬新な殺陣……等々により「時代劇」というジャンルを一躍、エンターテインメントの主流へと蘇らせた［ネオ時代劇］!!

無骸流（むがいりゅう）の狂剣士・尸良(しら) の暴走の果てに、万次と凜は辻斬りの犯人としてお尋ね者となってしまう。統首・天津影久(あのつかげひさ)を追って単独、加賀へ向かう凜。一方、百淋（ひゃくりん）から得た情報を元に、万次は新宿を通る逸刀流（いっとうりゅう）剣士を襲い、天津の居場所を突き止めようと試みるのだった――。

逸刀流（いっとうりゅう）剣士三人を相手に死闘を演じる万次。満身創痍で最後の相手・火瓦（ひが）に苦戦を強いられる万次。絶体絶命の危機！　そこに現れたのは――!?　一方、単身、逸刀流統首・天津影久（あのつかげひさ）を追う凜。お尋ね者となってしまった凜は、関所を突破するため、「関抜け宿屋」を訪ねるのだった――。

加賀・伊羽指南所において、統主の伊羽研水（いばねけんすい）からの思わぬ申し出に戸惑いながらも己の思惑を吐露する天津影久（あのつかげひさ）。一方、逸刀流剣士三人を撃破したものの、深手を負い、元・幕府隠密の絵師・宗理（そうり）に拾われた万次。そこで万次は、かつて死闘を演じた剣士・凶戴斗（まがつたいと）と再会する。凶は、妹の面影を重ねていた遊女・お恋の仇の手がかりを探していた。「――その女の浮かばれねえ命……弔（とむら）わせてやるぜ、凶戴斗」

「死罪に付されてなお、何処（いずこ）にも骸（むくろ）の残らぬ故もって『無骸』と称するなり」――明かされる百琳（ひゃくりん）の哀しき過去……。万次への復讐に燃える尸良（しら）に売られ、逸刀流（いっとうりゅう）に捕らえられた末に苛酷な拷問をうける百琳。そして、命懸けで百琳を守ろうとした真理路（しんりじ）の遺した手がかりを元に、無骸流最強剣士・偽一（ぎいち）はようやく百琳の居場所を突き止める。