織田と上杉の直接対決、手取川の戦いが迫る中、信長は謙信に直接会いたいと言い出す。その無謀な密談をお膳立てする命を受けたケンだが、当然、敵対する上杉軍に密談の申し出をすることは叶わない。そこで織田が目を付けたのは宿敵・武田勝頼だったが！？

織田信長と上杉謙信の密談をお膳立てするため、武田の捕虜として上杉の陣中に入ったケン。だが、謙信に献上した料理に使われた芋が毒だと嫌疑を掛けられ…！？また、信長と謙信の密談を知らず、謙信を討とうと迫る秀吉。全てを壊す戦の危機が！

かつてケン達現代人を襲った三好党。その残党・三好康長は織田家に下っていた。歴史を変え、本能寺の変を止めるにはもう一人の現代人・望月が必要だと考えたケンは、その手がかりを得るため康長に会いに向かったが！？

天下統一が現実的に見えてきた信長は統一後を見据え始めた。その一つが海の外との交易の一元化。そのためにケンは信長から命じられ瀬戸の海へ出たが、そこで待っていたのは！？信長がケンに与えた命とは！？織田と毛利、水面下の攻防が展開する！

竹中半兵衛の策で荒木村重の謀反を故意に決行させた信長。これにより、毛利の描いていた対織田の絵図は崩れ、毛利水軍が動き出すが！？織田軍にとって敗北の許されない第二次木津川口の海戦が始まる！！

本能寺の変を止めるため、もう一人の現代人・望月を探そうとするケン。その手掛かりを持っている村上元吉に会うため、ケンは再び瀬戸の海に出るが、その頃、村上水軍内は、毛利に忠誠を誓うか織田に付くかで揺れていた！織田の者と知られれば命が危ないケンだが！？

本能寺の変を止めるため、もう一人の現代人・望月を探すケンは、現代での記憶を戻そうと考えるが、濃姫より昔の記憶を取り戻すと今の記憶を失うかもしれないと告げられる。一方、信長は何の企みかも知らせずケンに養子に行けと命じるが…！？

公家の勧修寺晴豊が課した組香の試験に合格したケンは、織田と本願寺の和睦を成立させるため、公家の名門・近衛家の子息となった。そして帝からの使者として、ついに石山本願寺に入城する。一方、九州ではキリスト教勢力に動きが…！？

長崎が南蛮の領土となった。石山本願寺落城による一向宗の弱体化を突いて、宣教師・ヴァリニャーノはキリスト教勢力の拡大をもくろみ、信長へ謁見することに。一方の信長は、彼らの真の目的を探るべく、ある行事に招いたが…！？

大航海時代の世界史に大きな事件が起きた。スペインによるポルトガル併合である。その大変化の中、宣教師・ヴァリニャーノは信長に“明国征服”を打診する。一方、間者を使い、ヴァリニャーノが本国へ送る書簡を手に入れた明智光秀は、ヴァリニャーノの真意を知り…。