室町幕府を滅亡させ、元号を「天正」に改元した信長は、敵対する浅井・朝倉を討ち滅ぼすべく近江に出陣。浅井長政は堅城として名高い小谷城に篭城を決めた。信長、長政、お市。３人の運命を決める最終決戦が始まる!

浅井・朝倉を滅亡させた信長にとって、敵は石山本願寺と武田という二強となった。その宿敵・石山本願寺へ楓を奪還すべく向かったケンは、顕如よりケンと引き換えならばとの条件を提示される。それを拒絶したケンは…。

楓引き渡しの交換条件として、得意の西洋料理を封じられたケンが、使者として遣わされた先は、信玄亡きあとの武田家！　信玄の温情で武田から脱出したケンにとってそこはかつて捕らわれた地だが…!?

明智光秀は、果心居士から自分が信長を討つと予言され激怒するが、信長による蘭奢待切りの予言が的中したことに驚愕する。そんな中、時代は織田・徳川と武田の決戦、長篠の戦いに向けて動き出す！

織田・徳川と武田の決戦・長篠の戦いが迫る中、戦場となる村に捕らわれたケン。武田側についた村人を説得し、戦が始まる前に一夜にして城を築かねばならないが、武田勝頼は織田・徳川軍の眼前へと軍を進める！

東の脅威・武田勝頼を長篠の戦いで撃破した信長は織田家の当主を辞めると断言。ケンに嫡男・信忠の料理人になるよう命じる。だが、嫡男への家督相続に異議を唱える三男・信孝は織田家家督相続の宴席の裏で…。

織田家家督相続の儀を無事に終えた信長は、岐阜城を後にした。一方、顕如と松永久秀は果心居士の予言を利用しようと考え…。信長と顕如の最終決戦、天王寺合戦で信長を抹殺する計画が動き出す！

本願寺攻めを開始した織田軍は、木津の出城を攻撃したが惨敗。その頃、毛利軍を一人で食い止めよとの命を受けたケンは、堺で明の商人に会っていた…。3000の毛利軍に対し、ケンがとった策とは！？

織田と本願寺の激戦の中、頭部に銃弾を受けたケン。意識を取り戻したケンの前には織田軍に捕らわれた瑤子の姿が。瑤子の口から語られるタイムスリップ直後の事実。そして今の思い…。瑤子解放のために動き出したケンが相手にするのは、信長、そして顕如！

篭城する石山本願寺を干殺すべく包囲する織田軍に対し、中国の覇者・毛利が動き出そうとしていた。差し向けたのは戦国最強と言われる水軍・村上水軍！その圧倒的な強さに織田水軍は！？そしてついに上杉謙信も…。