鷹代陽は幼馴染の久遠瑛二と切磋琢磨しながらバスケに打ちこんでいる高校生。2年前に引っ越したもう一人の幼馴染の未来との再会を控え、今度の試合でより多く得点をした方が未来に告白するという約束をした直後…昼下がりに市内を襲った大地震。崩壊した学校の中で鷹代陽は同級生たちの死体の山、そしてソレを貪る未知なる怪生物を目撃する…。東京・立川を舞台に巻き起こるモンスターパニック！

学校に現れた得体のしれない生物から逃れ、立川にたどり着いた鷹代・白崎・田所の3人。そこには、まだ生きている人間が…!彼らは脱出を試み、街を探索し始めるが、彼らの前に現れたのは街を取り囲むような巨大な溝…！

バケモノに襲われたかと思われていた鷹代が無事に避難所に帰ってきた。しかし、避難場所に仲間の姿はなく、錯乱状態に陥った体育教師がいるだけだった…！！そんな中、遂に避難場所にもバケモノがやってきてしまった…。

避難場所にやってきたバケモノから逃れ、外に出るとそこには、救助のヘリが…！！救助隊はバケモノを次々に倒していく。これで助かる！と思ったが束の間、彼らは白崎に銃口を向けてきた…。鷹代達は村内の携帯に残された情報を渡すことに成功しヘリへの同乗を許されるが…！！

鷹代達がバケモノに襲われている一方、溝の外は壁で塞がれ、立川市内は立入禁止となっていた…。壁の外にいた未来は連絡が取れない鷹代と瑛士のことが気になり、瑛士の弟・絢士と壁の内側に侵入する…！！

弱っているバケモノを捕獲し、壁内から脱出した未来と絢士は、立川の状況を国民に知ってもらうためにテレビ局へ…！！しかし、局内でバケモノが逃げ出し、同級生が犠牲に！！そんな中、壁外でもバケモノが姿を現し、日本中が大パニックに…！！！

攻撃部隊に鷹代を託した白崎は、未来と絢士たちに出会う。白崎を先頭にして、未来たちはバケモノに立ち向かう！そんな中、攻撃部隊は民間人がいるにもかかわらず、バケモノへの攻撃を続けていく…。

対特殊生物兵器を使ったものの今だに成長を続ける謎の生物…。白崎たちは新宿で出会ったホームレスの老人・氏家の先導のもと、何とか新宿を脱出する。彼らの運命は…。日本は一体どうなるのか…！！

国はついに、特殊巨大生物の存在を認めた。新宿を脱し、未来の泊まるホテルに着いた白崎たちであったが、そこにもまた特殊生物が出現…！国は、特殊巨大生物を撃墜するために予てから用意していたプロトタイプの実践投入を試みるが…！！

政府が用意したプロトタイプとは、人間と特殊生物の融合体であった。その中には、体育教師・武重も含まれていた。しかし、特殊生物に身体を乗っ取られたプロトタイプは人類をも攻撃し始める。武重は白崎に出会い、意志を取り戻すが…！！