裏麗の首領・螺閃を退けた烈火たちは、火影忍軍最強の魔道具「天堂地獄」の封印された最後の洞穴へと向かう。一方、烈火たちを見送る螺閃の前に、水鏡を簡単に倒した裏麗の一員・葵が登場。死四天を裏麗の新たな首領に任ずることを、螺閃に認めさせるが…!?

復活した紅麗と共に、「天堂地獄」と一体化した森光蘭を追い詰める烈火。だが、森を父と慕う煉華と、裏麗の首領となった葵に妨害され、あと一歩で光蘭を逃してしまう。やがて「天堂地獄」を封印していた洞窟が崩れ始め、烈火たちの身にも危険が迫ってきた。このまま最悪の結末を迎えてしまうのか…!?

砕羽、円、崩、刹那、焔群、塁、虚空。計７匹の火竜を己の力として歩んできた者が、最後の戦いの前に成さねばならない事。それは八竜の長・裂神に会う事だ。それを前に烈火は仲間たちに、ひとまずの別れを提案する。一方、森光蘭の元に連れ去られた柳の身には危険が迫っていた！

時は永禄11年、桜火率いる火影忍軍は、悪鬼と恐れられる強国の武将・高杉正金の暗殺を企てた。それは高杉が側室にと狙う、ある小国の姫君・桜を守るための計画だった。だが、その企ては失敗に終わり、戦が勃発し、敗北を覚悟した桜姫は自ら命を絶ったという。その桜姫こそ…!?

柳は桜姫の生まれ変わりと知り、決意も新たに仲間たちと森光蘭の最後の砦「要塞都市-SODOM-」へ乗り込んだ烈火。そこで出会った謎の男は「HELL or HEAVEN」と呼ばれる森光蘭の巨城に柳がいると告げる。そこへたどりつくには、要塞内に５枚あるディスクを、烈火たちが１枚ずつ探さなければならないというのだが…!?

土門、烈火、風子とも敵を次々と撃破するが、ディスクは未だ入手できない。一方、小金井はバイオノイドドームで牙王と対決する。この牙王は、かつて土門に敗れ、その日から大好きだったチョコレートを絶っていた。土門を殺したその時こそ、チョコレートを好きなだけ食べられる。そう自分に課すことによって、攻撃性と残虐性を極限まで高めたのだった。

熾烈を極める、火影忍軍と裏麗の戦い。姫の危機を感じた烈火は先を急ぐが、目の前に執念の男・木蓮が立ちはだかる。烈火は火竜を繰り出すが、効果がない。しかも、烈火は木蓮に引きずりこまれ、水中深くへと沈んでしまった。勝ち誇る木蓮。だが、その木蓮が突然苦しみだして…!?

「MISSION5　研究所」で合流した土門と陽炎。その２人の耳に、老婆の悲鳴が聞こえてきた。土門はロボットに襲われていた老婆を助けるが、その正体は裏麗四死天のひとり・キリトだった。同じようにか弱い老婆を装って風子に近づき、ディスクを奪ってきたらしい。そして、キリトはまるで生き物のように改造された魔道具「死愚魔」を使い、２人を襲う！

苦闘の末、５枚のディスクを手に入れ、全員無事一堂に会した火影忍軍。５枚目のディスクをセットすると、遂にファイナルミッション「HELL OR HEAVEN」への門が開かれた。そこで彼らが目にしたのは、定員１名の７つのエレベーター。各自が選んだエレベーターは途中で自動的に止まり、その階で待ち受ける敵を倒さなくてはならないという。

ルートＡを選んだ陽炎は、心を読む少女・鬼凜と、魔道具「光界玉」を使い全てを消す青年・螺閃の２人と対決。かつて誤って実の母を消してしまった螺閃は、母のことで苦悩する烈火を解放するため、陽炎の不死の呪いを消そうと考える。だが消す物の大きさに比例して、螺閃自身もそれ相応の物を奪われてしまう。