生後まもなく心臓手術を受けて命を救われ、物心ついてから手術の模様をビデオで観たことで小児外科医になることを決心した少年・西條命。医療への多大な関心と生まれ持った次元変換能力によって、命は研究者さながらの知識を吸収していた。自分の手術を執刀した神道先生を心から慕う命は、たびたび先生のもとを訪れていたが、そのあと友人と小舟で釣りに出たことで大きなトラブルに見舞われて…

居眠り運転の車にひかれそうになった子供を見て、ためらわずに飛び込んだ命。幸い２人にケガひとつなく、一部始終を見ていた研修医の瀬名マリアがその勇気をたたえると、命は「何もできなかった時の方が何倍も怖い」と笑顔で返す。その言葉に突き動かされた瀬名は、一度は諦めかけた小児外科志望に戻り、命の下で働こうと決意する。

ついに迎えた、命による胃からのNOTES手術。世界初となる手術だけあって、理事長以下大勢の見学者が詰めかける中、命を敵視している副院長がなぜか若手医師への解説役を買って出てきた。そのことを危は「何か欠点に気づいたのでは」と心配するが、命は全く気にする様子もなく手術を開始する。序盤は特に問題なく手術が進み、副院長も命の技量を褒めちぎっていたが…!?

西條を意識して慣れない小児心臓手術に臨み、動脈管を傷つける重大ミスを犯してしまった波賀。これを見た命は直ちに救命措置を行い、無事にトラブルを克服して手術も成功させるが、危は「患者は無事でも、俺たちも無事かどうかは…」と不安がる。実は、命が行った措置はイレギュラーな方法で、執刀医の波賀が事実を曲げて報告すれば問題視されかねない行動で…!?

冠動脈手術を受けるため入院した命の交代要員として、副院長が送りこんだのは、自身と危の妹・桐生棗だった。棗は副院長、危どちらとの兄妹仲も悪くなく、腕利きの外科医でもあるため、特に問題ない人選に思われたが、危は棗のある性格に不安を感じていた。それは「手術が下手くそなヤツは外科医として殺す」というほどの、手術技術への異常なこだわりで…!?

平理事長の頼みで、誰が「最上の名医」に相応しいかを調査していた不知火は、命の凄さを目の当たりにし、命を後継者に推すべきとの結果を報告する。だが、平にはまだ不安があるようで「ひとつ西條先生を試してみたい」と語り出す。それは、あえて不治の病の患者を紹介し、治療の出来ない患者を相手にした際の人間性を見てみたいというもので…!?

命と対立する帝王大総長側が、小児外科の中にスパイを送り込んでいる？　危は消去法から、雅が怪しいと疑うが、話を聞いた瀬名は小児外科希望者２人の中にいるかもしれないと考える。早速そのうちのひとり・真中有紀と直接会うことにした危と瀬名だが、さりげなく食事に誘おうとする危に対し、真中は「帝王大総長の孫なんですよ」と衝撃発言を…!?

患者の膵管に腫瘍が浸潤していることを教えず、命に手術ミスをさせようと目論む真中。だが、彼女は患者の少女・美也子と触れ合う中で、今回の手術で死ぬことはなくても、この子が長く生きられない事実は変えられないことに心を痛めてもいた。その不安な表情を見た美也子は、一度は手術を受けないと言い出すが、命が説得に当たり…!?

飛行機内で出産間近の妊婦さんを見かけた命。飛行途中、彼女は陣痛が始まってしまい、機内での出産に！　特別な道具も、専門家もいない中、命はいかに妊婦さんを救うのか？　頼りになるのは己の知性と勇気のみ。出産経験がある隣の席のおばさんと共に出産に立ち会う命。だが、赤ちゃんは逆子で、危険な状態だった…!!

小児外科を担当する看護師が何人か入れ替わった。その中のひとり・戸磁麻由美は「この病院一番のドジ」と言われるほどのドジ。しかも、命のことが気になっているらしい。そんな麻由美を見て、真中はなんだか気が重い。そんなとき、クビになってもしょうがないほどのミスをしてしまった麻由美を命はかばう。命も麻由美に気があるのではないかと疑う真中は…!?