犬（←「おとこ」と読む）たちの熱き友情と死闘を描き、人気を博した熱血青春犬漫画、「銀牙-流れ星 銀-」。その十数年後の物語。前作の英雄たちも出てきます。 北アルプスに、病気の母と共に暮らす幼犬がいた。彼は、かつて殺人熊・赤カブトを倒し、奥羽に犬の楽園を築いたと言う伝説の犬（おとこ）、奥羽軍団の総大将・銀の息子だった。母の死をきっかけに、「ウィード」（雑草）の名をもらった幼犬は、生き別れの父に会うため、遙か彼方の奥羽へ向けて旅立つ。

まだ見ぬ父・銀（ぎん）に会うため、奥羽へと向かったウィードとＧＢ（ジービー）。山賊犬の使いぱしりになっていたメルを、フックの加勢によって救い出したウィードたちは奥羽にたどり着く。しかし犬の楽園だったはずの奥羽では人間による野犬狩りが始まるなどの異変が起こっていた。しかも奥羽に入ったウィードたちを、総大将・銀の盟友であったベンの息子・剣（けん）が襲ってきた。そこを割って入りウィードを救い出した甲斐犬・影虎（かげとら）は、奥羽の政権転覆を狙っていた……。

射殺された父・銀（ぎん）の死の真相を確かめるべく牙城へと向かったウィードたち。しかしそこには、人肉を喰らう異形の怪物が巣食っていた!!　犬たちの楽園を崩壊に導いたのはその怪物だったのだ。その怪物の圧倒的な強さに剣（けん）と影虎（かげとら）は谷底に落とされてしまい、人間による野犬狩りで負傷していたウィードは追い詰められる。そこへやってきたのはかつての銀の飼い主・大輔（だいすけ）。大輔に襲いかかろうとする怪物に、ウィードの熊犬の血が今、蘇る――!!

怪物を消すことを使命とするジェロム率いる殺し屋軍団とともに、怪物との最終決戦に走り出したウィード。しかし怪物を前にして冷静さを欠いたウィードをかばって、ジェロムは怪物の牙に捕らえられてしまう。この窮地を救うべく、メルやＧＢ（ジービー）、そして老兵スミスまでもが怪物へと向かっていく――。一方、ウィードとそっくりな犬を見て、そばに寄っていった佐助。その犬の正体は妻・桜（さくら）の捜索をする、ウィードの父であり奥羽の総大将・銀（ぎん）であった!!

老兵スミスの壮絶なる最期に勝利を確信したウィードと若き戦士たち…。しかし闘いは終わっていなかった。再び立ち塞がる怪物に、二子峠はまたしても鮮血に染まっていく…。そんな中、ついにこれまでベールに包まれていた殺し屋軍団が動き出した。彼らは次々と捨て身の攻撃で怪物の弱点である動脈を狙い、自らの命を犠牲にして怪物にダメージを与えていく…。そしてその凄絶な攻撃の締めくくりはジェロムの一撃のはずだったのだが――!?

絶壁から足をすべらせた怪物もろとも谷底へ落ちていったウィード、剣（けん）、影虎（かげとら）、そしてジェロム。激流に流されながらも怪物にとどめを刺すべく戦うウィードたちを、急な滝壺と先の尖った流木が待ちかまえていた。怪物との戦いの行方は――!?　またウィードたちの安否は――!?　一方、南アルプスでは、大ボス・法玄（ほうげん）が天下統一の手始めに、奥羽の総大将・銀（ぎん）を包囲して襲い始めていた――!!

奥羽の総大将・銀（ぎん）より放たれた赤目（あかめ）から、法玄（ほうげん）の陰謀により銀が囚われの身となったことを知らされたウィード。ウィードをはじめとする奥羽軍団は、銀を救うべく南アルプスへと向かいながらも、打倒法玄に向けて、道中出会う犬を仲間にしようと試みる。一方、飼い犬をも徴収し、強大な勢力を手中に収めた法玄は、俊足を誇るロケット三兄弟を奥羽軍団の偵察に向かわせて……!?

父・銀を救うため、そして悪の根源である法玄（ほうげん）を倒すため、南アルプスへと向かっていたウィード率いる奥羽軍団だったが、仲間に加わった元法玄部隊のロケットから、戦況不利を打開すべく「アルプス越え」を提案される。敵を目の前にしながら、山越えという反対側に逃げるような行為に反発するウィードだが、現状では法玄に勝てないと考えて過酷なアルプス越えを決行する。しかし山の容赦ない強風に、ＧＢとウィードは谷底に飛ばされてしまう。生存が絶望視されたウィードらを救ったのは……!?

父・銀（ぎん）を救うため、そして悪の根源である法玄（ほうげん）を倒すため、西国に仲間を求めアルプスを越えるウィード率いる奥羽軍団。その一方で、ヒロと麗華（れいか）を逃がしたジョンは、法玄の圧倒的兵力になす術なくやられていた。プライドの高いジョンに命乞いをさせようと容赦なくいたぶる法玄。しかしジョンは最期まで、己の意思とプライドを貫き通すのであった。そして、その命もまさに尽きようとしたその時……!!　駆けつけたのはウィードであった。ジョンの最期を看取ったウィードは……!?

父・銀（ぎん）を救うため、また悪の根源である法玄（ほうげん）を倒すため、ウィード率いる奥羽軍団は、不良の大ボス・狂四郎（きょうしろう）を仲間にするべく滋賀へと向かった。しかしそこでウィードが目にしたのは、子犬を虐待した父犬に対し、残酷なまでのリンチを行う狂四郎であった。それでも狂四郎を男と見込んだウィードは単身で説得に出向くが、狂四郎との交渉は決裂し、タイマン勝負へと発展してしまう。喧嘩慣れした狂四郎のペースに呑まれたウィードは大苦戦するのだが……!?