潮の神器を狙ってジパングの神座に攻め入ったハロルド。果敢に立ち向かうも、瀕死となって倒れたイサリの前に現れたのは、賢王として覚醒したベゼルだった！　ファン爺とヤオは、取り込まれた異世界で神鳥ラーミアと出会い、そこがラーミアの卵の中の世界であることを知る。一方、ファン爺を捜しに向かったリーは、バハラタの地で強力な魔物が“何か”を守っていることに感づく。雷の力を手にしたアニスは、修業の仕上げとして、ラダトーム城へと攻め込む──！　導かれし者達の物語、第二十一幕─────。

来るべき戦いのために、竜王の下で修業に励むアロス。シルシルとミシルとともに本気の戦いを挑む。ファン爺を追ってバハラタへ向かっていたリーは、そこで宿敵グードと再び相見える。魔石の力を得てさらに強くなったグードに苦戦を強いられるリー。その様子を鏡の世界から見守っていたヤオは、自らのことを省みない行動へ……！　その時、リーの封じられていた本当の力が解放される───!!!　鏡の中の世界では、クインゾルマがアラン・アステア達の前に姿を現し、一触即発の事態に!!　導かれし者達の物語、第二十二幕────。

竜王城を舞台に、二つの戦いが平行していた。勇者アロスと、闇に沈むアニス。アレフガルドを統べる竜王と、レッドオーブの守護竜レド。オーブを巡る戦いは最終局面へ。そして激しい衝突の末、アロスとアニスの確執にもついに決着が……!?　世界は、ラーミアを完全に取り込んだクインゾルマの策謀に溺れて、もう抗うこともかなわない───！　導かれし者達の物語、第二十三幕─────。

６種のオーブを全て手に入れたクインゾルマは、この世界に復活を果たした。彼女の目的、それは「ゾーマが率いる帝国を復活させること」だった───！　戦慄するアロス等は、アレフガルドから地上世界へと向かう。舞台となるのは＜アリアハン＞。かつての合戦の地に現れたのは、軍師・新生獣王グノンとその四天王!!　そして、見覚えのある姿をした女の魔物が一人……。新たなバトルが、ここから始まる!!　導かれし者達の物語、第二十四幕───。

クインゾルマが復活して、世界中に出現した“木の根”。無差別に生き物を取り込んでは、新たな魔物を生み出すその“根”は、アリアハンにも甚大な被害をもたらしていた。かけつけたアロス達を最初に待ち受けていたのは、復活した新生・獣王グノンが率いる四天王!!　かつて勇者を見捨てたという過去を悔いていたアリアハンの民も、アロス達を懸命に援助する。戦況の変化を受け、ベゼルは雷の神器・シュライをジパングのイサリへ届けにいくが、炎の神器・オウエンを納めたイサリのダメージが大きすぎ……。新たなアリアハンの戦いは始まったばかり!!　導かれし者達の物語、第二十五幕───。

舞台はアリアハン平原。獣王グノン、ゾルマフィオーレ、そして大地を覆うようにはびこる木の根から次々に生み出されるモンスターの大群を相手に、苦戦する勇者アロス達。ジパングでは、イサリが最後の神器を神座（カミクラ）へと納め、ついに全ての呪文がこの世界に復活を果たす!!　しかし、神器からは今まで計測されたことのない力が発され、神器の聖域の守人達は神座へと集結し、精霊との対話を試みることに。時同じくして、復活した呪文で応戦するも、モンスターの数に押されて絶体絶命かのようなアリアハンで、民を守りながら戦っていたシルシルとミシルが、大きな決断を下す───!!　導かれし者達の物語、第二十六幕───。

新生獣王グノン、そして根から無限に現れる魔物達を相手に、アロス達が激戦を繰り広げるアリアハン平原。理性を失ったかのような竜王と、冥王ゴルゴナまでもが現れ、さらに混戦を極める。そんな中、リーはグノンによって大ダメージを受け、アロスもまたゴルゴナの罠にかかって倒れてしまう。三種の神器がそろったジパングの神座(カミクラ)では、異形となったハロルドが結界を破って再び現れ、執拗に神器を狙う。対する賢王ベゼルは、マダンテで対抗するが……？　かつて一緒に戦った世界各国の援軍が、いよいよアリアハンへ集結。戦いは次の段階へ!!　導かれし者達の物語、第二十七幕───。

雷(いかずち)の精霊・シュライと深く共鳴し、アロスが感じた新しい力。星＜ガイア＞の名とともに唱えた新たな呪文が、冥王ゴルゴナに炸裂!!　アリアハンにひしめく魔物達と人間との総力戦が続く中、魔物使いの能力を持つポロンが一策を講じる。戦意をなくした魔物達を見たクインゾルマは激昂し、根を使ってアリアハンを大陸ごと崩し出す!!　人々の決死の脱出劇の中、シルシルとミシルが大奮闘！　そして、竜王を倒した獣王グノンが今、アロスの前に降り立つ。崩れゆく大地で、戦いが始まる……!!　導かれし者達の物語、第二十八幕───。

アロス達が精霊と共鳴して体得した＜ガイア＞呪文。目を覚ましたシルシルとミシルも、ロマリアからアリアハンへと駆けつけてくる。しかし、ガイア呪文をもってしても、強大なグノンを倒すことができない───!!　勇者パーティは、全員が地に伏せ、絶体絶命の状況。その時、ホイミ爺が下した決死の決断とは!?　グノンを倒すための唯一とも思える糸口は、思わぬアイデアから───!!　アリアハン編、堂々のグランドフィナーレ!!　導かれし者達の物語、第二十九幕───。

アリアハン大陸での決戦が幕を閉じた。アロスは行方不明となり、アニスはアストロンを発動して動かぬままであったが、地上世界では三国の王達による勝利宣言がなされていた。平和なムードに包まれる中、カーメン王国に勇者アルス王が帰還する。「クインゾルマはまだ生きている」不穏な予言に導かれ、勇者アランとアステア、聖戦士キラとヤオもカーメン城に集結。５人が待ち構えるは、今再びこの地に復活することになった因縁の宿敵・魔王バラモス!!　仮初の平和の中で、“親世代”の戦いが人知れず幕を開ける!!　導かれし者達の物語、第三十幕──────。