超弩級豪華客船グランド・オモシロイを舞台にスズキ・キヨシによる怪盗ショーが始まった。立ち込める白煙の中、ガンドーは推理と爆発的行動力で怪盗を追い詰め、ついに現行犯で捕まえることに成功する。報酬を手にシキベのところへ向かったガンドーだったが、彼を迎えたのは…!?

キョート共和国、アッパーガイオンにあるカチグミ企業、コケシ・マニュファクトリの社長室で繰り広げられる暗黒武道ピストルカラテの達人同士のイクサ!　片や逆恨みめいた妄執で己の父をも狙うガンスリンガーことコケシ・ソイチ。片や助手が殺された事件の真相を追う中で、ニンジャとなった探偵、タカギ・ガンドー。二忍とも一歩も引かないそのイクサは、まさに互角!　だがその時、ガンドーの銃が不吉な音を立てる。それはそれは死神の囁きめいた不発の音!　ガンドーはガンスリンガーの凶弾に逝ってしまうのか??

大恩ある師の孫娘、豊満美女のユカノをザイバツの手から守り切ったニンジャスレイヤーに昔からの協力者であるもう一人の眠れる豊満美女、ナンシーの身が危ないとの一報が入る。急遽、彼女が眠り続けるネオサイタマのノビドメ・シェードに入ったニンジャスレイヤーの前にアマクダリ・セクトのモータヤブ改善が立ちはだかった。さらに街の至る所に仕掛けられた爆弾の罠が彼を襲うが、辛くも地下に入り難を逃れるニンジャスレイヤー。その頃、カンオケ・ホテルの一室で眠り続けるナンシーに、ヤバイ級のヘンタイニンジャ、モスキートの汚染血液滴るニードルが迫っていた。 急げニンジャスレイヤー、急げ！ ナンシーをウルトラハードな蹂躙の危機から救え！！

ワイルドハントとのイクサが終わったと思いきや、ザイバツとアマクダリがニンジャスレイヤーを強襲。ジリープアーに陥るかに思えたその時、ネズミハヤイDIIIが現れてニンジャスレイヤーを救い出した。そして窮地を脱したニンジャスレイヤーは師の孫娘、ドラゴン・ユカノを預けたネオカブキチョの一角にあるバー「絵馴染」にいた。そこへユカノをさらうためザイバツのニンジャ、メンタリストが現れる。ユカノを護るべく戦うニンジャスレイヤーとヤモト・コキだったが、メンタリストのゲン・ジツに翻弄され、ユカノは連れ去られてしまった。その直後ニンジャスレイヤーに謎の電話が入る。電話の主よりネオサイタマにいる双子のザイバツ・ニンジャの弟、アンバサダーを捜せとニンジャスレイヤーは指示を受けるのだった。ところ変わってキョートでは、探偵でありニンジャとなったタカギ・ガンドーが双子ニンジャの兄、ディプロマットの元を訪れていた。ニンジャスレイヤー、ガンドー、双子のディプロマットとアンバサダー、ネオサイタマとキョートで四忍とザイバツが激突する！！

強敵、メンタリストに対するアンバサダーとイグナイト。そのイクサにニンジャスレイヤーが介入してきた。メンタリストの強力なゲン・ジツ、そのことごとくを打ち破るニンジャスレイヤー。マッポ、デッカーの横槍がありつつも、見事メンタリストを降し、ニンジャスレイヤーがイクサを制した。それを見たアンバサダーはキョートに繋がるポータルを開く。そこにニンジャスレイヤーが迷わず飛び込むと、それを倒れたと思われていたメンタリストが追う……。ポータルの中を進むニンジャスレイヤーだったが、キョートではなく異世界めいた戦場世界の荒野に流れ着いてしまった。その硝煙薫る荒野に金属質なピンク色のニンジャ装束が一つ……、ザ・ヴァーティゴだ！ アイサツを交わす二忍……。そこへさらにオバケめいたニンジャ、インクィジターが現れた！ 果たしてニンジャスレイヤーは、無事キョートへ辿り着けるのか！ さらに新章「シャドー・コン」開幕！ 秘密めかした闘技スポットで開催されるニンジャによるバトル・トーナメント、そこで起こる大番狂わせ……。そこにはあのニンジャの影があった!!

キョートを牛耳るザイバツが運営する地下格闘トーナメント「シャドー・コン」に潜入すべくニンジャスレイヤーは、落ちぶれた道場主、モミジ・ヤンガの下を訪れる。だがニンジャスレイヤーの目的は、トーナメントの優勝ではなく、師の仇、サラマンダーの下から師の孫娘、ドラゴン・ユカノを救出することだった。ザイバツのグランドマスターでもあるサラマンダーに近づくには、シャドー・コンにて優勝し、優勝杯を授与されるその時しかない！ 一回戦でランバージャックを、二回戦でモーターナガサマを圧倒したニンジャスレイヤー。そうして迎えた決勝戦、対戦相手はサラマンダーの部下、ミラーシェード。ニンジャスレイヤーが暗黒カラテ、カポエイラのアルマーダ・マテーロを繰り出せば、ミラーシェードは、同じカポエイラのメイアルーアジコンパッソで対抗！伝説の暗黒カラテ蹴りの応酬、予測不能なイクサの決着や如何に!? 果たしてニンジャスレイヤーは、ミラーシェード、さらにサラマンダーをも下し、ユカノを助けだすことができるのか！

シャドー・コンのドヒョーにて対峙する二忍、ニンジャスレイヤーとサラマンダー。 ニンジャスレイヤーから放たれる強烈なカラテを絶対防御カラダチにて受けるサラマンダー。タツジン同士の攻防の中、ニンジャスレイヤーが強力無比なカラテ投げ技「アラバマ落とし」をサラマンダーに見舞った。だがドヒョーに上がる土煙が晴れるとそこにはドヒョーを拳で殴り、倒立状態でたたずむサラマンダーの姿が!? 危機から反転、攻勢に出たサラマンダーは、ニンジャスレイヤーに先ほど受けた「アラバマ落とし」を仕掛け、ニンジャスレイヤーがドヒョーに突き刺さる。 その時、記憶を失くし、己が何者か分からずただ観ているだけだったユカノのニューロンが活性化！ 記憶が蘇ったユカノの叫びにより、一度はドヒョーに沈んだニンジャスレイヤーも復活！ その様を見たサラマンダーは、さらにチャドーの奥義を見せろとニンジャスレイヤーを挑発する。 出るかチャド―奥義アラシノケン!? カラテのタツジン二忍のイクサの行方、果たして――??

ザイバツに囚われてしまったユカノ。 その彼女を賓客として迎えるザイバツのグランドマスター、パラゴンは、ユカノにロードの尊さ、ザイバツの理念、そしてニンジャ千年王国について熱く語る。 その内容にユカノは、大きく惑わされてしまうのだった。 その夜、ユカノの寝所にタカギ・ガンドーが現れる。 ニンジャスレイヤーの友達と挨拶したガンドーに驚きつつも、ユカノは彼の話に耳を傾けるのだった。 数日後、ユカノとの連絡手段を確保したニンジャスレイヤーとガンドーは、ユカノとキョート城への侵入、そして彼女を救出する計画をまとめる。 そうして迎えた侵入計画決行の前夜、眠るユカノの夢の中にとあるニンジャが現れ、彼女にニンジャスレイヤーに関わる不吉な予言を語り始めるのだった――。

「トビゲリ・ヴァーサス・アムニジア」最高潮!! ユカノを襲うレッドクリーヴァーとワッチドッグ。 二忍の猛攻に意識を失いかけたその時、ユカノが記憶を蘇らせドラゴン・ニンジャへと覚醒する！ 果たしてユカノは、ニンジャスレイヤーより課された任務を全うできるのか!?　そして新章「ブレードヤクザ・ヴェイカント・ヴェンジェンス」開幕!! キョートの闇社会を襲う凶刃、キツネオーメンを被ったケジメニンジャ登場！ ヤクザクラン、暗黒メガコーポ、ザイバツ・シャドウギルドをも巻き込んだ抗争が始まった時、ニンジャスレイヤーは――!?