超弩級豪華客船グランド・オモシロイを舞台にスズキ・キヨシによる怪盗ショーが始まった。立ち込める白煙の中、ガンドーは推理と爆発的行動力で怪盗を追い詰め、ついに現行犯で捕まえることに成功する。報酬を手にシキベのところへ向かったガンドーだったが、彼を迎えたのは…!?

キョート共和国、アッパーガイオンにあるカチグミ企業、コケシ・マニュファクトリの社長室で繰り広げられる暗黒武道ピストルカラテの達人同士のイクサ!　片や逆恨みめいた妄執で己の父をも狙うガンスリンガーことコケシ・ソイチ。片や助手が殺された事件の真相を追う中で、ニンジャとなった探偵、タカギ・ガンドー。二忍とも一歩も引かないそのイクサは、まさに互角!　だがその時、ガンドーの銃が不吉な音を立てる。それはそれは死神の囁きめいた不発の音!　ガンドーはガンスリンガーの凶弾に逝ってしまうのか??

大恩ある師の孫娘、豊満美女のユカノをザイバツの手から守り切ったニンジャスレイヤーに昔からの協力者であるもう一人の眠れる豊満美女、ナンシーの身が危ないとの一報が入る。急遽、彼女が眠り続けるネオサイタマのノビドメ・シェードに入ったニンジャスレイヤーの前にアマクダリ・セクトのモータヤブ改善が立ちはだかった。さらに街の至る所に仕掛けられた爆弾の罠が彼を襲うが、辛くも地下に入り難を逃れるニンジャスレイヤー。その頃、カンオケ・ホテルの一室で眠り続けるナンシーに、ヤバイ級のヘンタイニンジャ、モスキートの汚染血液滴るニードルが迫っていた。 急げニンジャスレイヤー、急げ！ ナンシーをウルトラハードな蹂躙の危機から救え！！

ワイルドハントとのイクサが終わったと思いきや、ザイバツとアマクダリがニンジャスレイヤーを強襲。ジリープアーに陥るかに思えたその時、ネズミハヤイDIIIが現れてニンジャスレイヤーを救い出した。そして窮地を脱したニンジャスレイヤーは師の孫娘、ドラゴン・ユカノを預けたネオカブキチョの一角にあるバー「絵馴染」にいた。そこへユカノをさらうためザイバツのニンジャ、メンタリストが現れる。ユカノを護るべく戦うニンジャスレイヤーとヤモト・コキだったが、メンタリストのゲン・ジツに翻弄され、ユカノは連れ去られてしまった。その直後ニンジャスレイヤーに謎の電話が入る。電話の主よりネオサイタマにいる双子のザイバツ・ニンジャの弟、アンバサダーを捜せとニンジャスレイヤーは指示を受けるのだった。ところ変わってキョートでは、探偵でありニンジャとなったタカギ・ガンドーが双子ニンジャの兄、ディプロマットの元を訪れていた。ニンジャスレイヤー、ガンドー、双子のディプロマットとアンバサダー、ネオサイタマとキョートで四忍とザイバツが激突する！！