子供の頃に事故で死なせてしまった幼なじみが忘れられない高校生・村上良太は、彼女との約束を果たすべく、天文部に在籍し宇宙人を探していた。ある日、良太のクラスにその幼なじみと瓜二つの美少女・黒羽寧子が転校してくる。どこか浮世離れした彼女の秘密とは一体…!?　純愛ダークファンタジー！

「私たちは一体なんなの？」「私たちは一体何をされたの？」　「鎮死剤」を手に入れるために潜入した製薬工場で、研究所からの刺客・沙織の魔法『斬撃』により、良太の目の前で体をバラバラに切り刻まれてしまった寧子。沙織との死闘の果てに、二人が見たものは…!?

「俺が生きてるうちは、絶対お前らを死なせない」　キカコとの戦いに勝利し、天文部に束の間の平穏が訪れる。寧子たち魔法使いは高校生活に少しずつ慣れ始め、やがて、良太との関係にも微妙な変化が…!?　そんな中、彼女たちを救うため、良太は、ある人物に相談を持ちかけるのだが…!?

「あなた、どうして良太を殺したの？　私の大切な友達だったのに…」　寧子たち魔法使いに残された時間はあと僅か。良太は約束どおり、叔父の小五郎を魔法使いたちと対面させる。魔法の存在を信じない小五郎の前で彼女たちは!?　その頃、研究所は新たな魔法使い5210番を解放し、寧子たちの追跡を始めていた。彼女の力とは一体…!?

「いつかこうして忘れてしまうんだろうか…　おれのことも…」　奈波から研究所「ヴィンガルフ」の情報を託された良太は、寧子たち魔法使いを守る決意を新たにする。一方、「ヴィンガルフ」に配属された新人・土屋邑貴は、初日から想像を絶する光景を目にしていた…！　徐々に明らかになる研究所の謎。そして新たな刺客が…!?

「結局、自分の命は自分で守らなあかんのや」　研究所が召喚した魔法使い・瑞花は、「夢の中で未来に干渉する」能力の持ち主だった。カズミの死を回避すべく良太たちが計画を立てる一方、瑞花は自らの予知を実現させるため、カズミの前に現れる。自分の死が巻き添えであり、その死を回避する方法があることを瑞花から聞かされ、カズミの心は揺れ動く…！

「やっぱり人間じゃなきゃダメか…」　ヴィンガルフの九所長は小鳥を回収するために、遂に独断でSクラスの魔女“ヴァルキュリア”を解き放つ。しかし、8つの魔法を持つ最凶の魔女は、監視の魔女7人を殺害し、“鎮死剤”を求めて暴走！　寧子たちは逃げる間もなくヴァルキュリアに襲撃されてしまう。そんな中、新たな魔法使いが現れて…!?

「おれは…死ぬのか…誰も守れなかった…」　寧子の胸にクロネコと同じホクロを見つけた良太。その矢先、研究所の九所長とヴァルキュリアが天文台に現れる。小鳥と寧子以外の魔法使いを処分しようとする九に対し、良太は必死に抵抗を試みるがヴァルキュリアの魔法が寧子に向けて放たれた…!!　そして、九から明かされる魔法使いの秘密とは…!?

「ウソだ…ダメ…！　みんな死んでしまう…!!」　佳奈が見た予知は全員の死──。九に攫われた小鳥を取り戻すため、寧子たち魔法使いは九の隠れ家へと足を踏み入れる。そこでは少女を使った恐ろしい実験が行われていた。高千穂を裏切り、小鳥を攫った九の真の目的とは？　そして、ヴァルキュリアの圧倒的な力を前に寧子たちは…!?

「おれとおまえは…ずっと一緒だ」　ヴァルキュリアが放ったアンチマターにより、辺り一帯は一瞬にして焦土と化した。良太は自分の命と引き換えに寧子だけは守ろうと、無謀にもナイフ1本でヴァルキュリアに立ち向かう。チャンスは一度きり。その時…！　世界の存亡を賭けた戦いの行方、そして寧子と良太の運命は!?