米大統領ベネットは「やまと」の核による攻撃を覚悟の上で、米大西洋艦隊に総攻撃を指示。それを受けついに、「やまと」から2発のハープーンミサイルが発射された！ハープーンミサイルは意外にも空砲であったが、世界は“核”の恐怖を改めて体験することに…。この攻撃によりベネットは停戦を決意。ニューヨーク沖での戦闘に代え、ワシントンでの政治的勝利を狙う。

ニューヨーク沖30キロに浮上した「やまと」は機関停止し、アメリカに対して友好同盟を希望する趣旨のメッセージを発信。米大西洋艦隊ナガブチ大佐は、攻撃中止を決断した。直後、「やまと」の甲板に乗員が整列、米本土に敬礼したため再攻撃はためらわれる状況となる。そのすきを突きヘリで接近したACN・TVクルー5名が「やまと」に乗艦した。「われわれが戦闘国家「やまと」ならば君たちは情報国家「やまと」を作ればよい！」

ニューヨーク沖30キロで、無防備な完全停船を続ける「やまと」。その後方60キロでは、英・仏・ロ・中・印の各国が秘かに放った最強の原子力潜水艦が、対「やまと」作戦の先陣争いを繰り広げている。ワシントンの政治サミット、ACNの世界同時中継による情報サミットに加え、原子力潜水艦による第3のサミットが始まるのか。

「やまと」と英原潜「タービュレント」との交信をプロローグに開始された全世界同時生中継。続いてACNボブ・マッケイが行ったロング・インタビューの中で、艦長・海江田は世界政府への道となる巨大な構想“超国家原潜艦隊＝沈黙の艦隊（サイレント・サービス”計画を明らかにした。放送が終了すると、世界には異様なる興奮が巻き起こることに――。

ワシントン・サミットは、“攻撃”を決定し散会。米政府は、無防備な停船を続ける「やまと」に対し、とうとう最終降伏勧告を通達した！対潜ヘリ部隊30機が出動、総攻撃開始の時が刻々と迫る。世界が再び“核”の恐怖におびやかされる中、艦長・海江田は人質ともいえる米ACNのTVクルー5名を退鑑させ、米政府に対し最後通牒を開始した！

対潜ヘリ30機に完全包囲された「やまと」は、米政府に対し宣戦布告、エンジンを始動した。これを受け、ACN社長デミルは世界市民投票を実施。6千万人の75％が「艦長・海江田の声をもっと聞きたい」と答えた驚異の結果を発表した。これを受け、米大統領ベネットが下した最終結論は…。一方、「やまと」周囲には、英原子力潜水艦以下4艦が全速で集結していた。

独立戦闘国家「やまと」と米政府の戦争を止めるべく、英・中・ロ・印、各国最強の原子力潜水艦が「やまと」周囲に浮上。だが、米政府は攻撃命令を撤回せず、対潜ヘリによる急降下爆撃を命令。急降下爆撃の直前、「やまと」がとった驚愕の行動とは！？そして、それに対して米政府がとった態度は！？激しい威嚇攻撃が続く中、「やまと」はニューヨーク港へ前進していくが…。

毅然とした態度でニューヨークへ前進を続けていく「やまと」。米対潜ヘリの激しい威嚇攻撃の中、国連特使として出動した深町らは、ヘリから宙吊りで「やまと」への乗艦を果たす。米海軍・ナガブチ大佐は、空母「J・F・Ｋ（ジョン・Ｆ・ケネディ）」の巨体で「やまと」を押し潰す最後の作戦を決行。両鑑は正面衝突し、「やまと」は鑑橋に海江田を残したまま、潜航していく…。

米空母「J・F・Ｋ（ジョン・F・ケネディ）」との激突から奇跡の生還を果たした「やまと」は、ついにニューヨークに入港した。海江田は艦橋より、4カ国原子力潜水艦の集結と、国連総会の開催を要求する。一方、「やまと」への戦争における敗北を認めた米大統領ベネットは、米海軍ライアン大佐並びに戦略研究家・ネイサンを呼び寄せ、自らの方針転換を考え始めていた。

「やまと」のニューヨーク入港によって、国連総会開催が決定した。軍備廃絶への拒否反応から、軍事関連企業が各国のマスコミ及び政府への圧力を強化。反「やまと」キャンペーンが開始され、5ヵ国原子力潜水艦には「やまと」撃沈の命令が下る。だが、各鑑の艦長たちは“沈黙の艦隊”参加を決意。一方、米大統領ベネットは、議会で“一切の兵器輸出入禁止”を唱える演説を開始した。