独立国家となった原子力潜水艦「やまと」の補給・点検のため日本が開発した移動浮きドック「サザンクロス」は、懸命に「やまと」との接触を試みる。危険を顧みずに入渠（にゅうきょ）した「やまと」であったが、米原子力潜水艦にドックごと攻撃を受けてしまう。炎上する「サザンクロス」、ともに沈む「やまと」。しかし、奇跡の操鑑により「やまと」は脱出を試みる！

東京湾海底に沈んでいく、移動浮きドック「サザンクロス」からの脱出を図る「やまと」は、深町艦長が指揮する「たつなみ」の捨て身の援護を受け、北極海へ向かった。一方、日本では、「やまと」との同盟を独断した竹上総理の責任を焦点に、臨時国会が召集される。その壇上、竹上総理は「やまと」驚くべき声明を表明。竹上発言の是非をめぐり、党派入り乱れての激論が闘わされていた。

米大統領ベネットは、北極海へ進入した「やまと」に対し、その撃沈作戦“オペレーション・オーロラ”を発動した。北極海に展開する戦略原子力潜水艦の引き揚げを敢行し、その一方で米海軍の切り札、最新鋭攻撃型の原子力潜水艦「シーウルフ」を北極海に派遣するというのだ！冠氷下を舞台に死闘が今、始まろうとしていた。最大速力70ノットの原潜は存在するのか！？冠氷下1000m、原潜対原潜の決死の闘いの火蓋が切られる！

米大統領ベネットが仕掛けた「やまと」撃沈作戦“オペレーション・オーロラ”。その主役である最新鋭攻撃型原子力潜水艦「シーウルフ」の前に「やまと」は劣勢をしいられる。北極海の氷塊を利用した巧みな操艦により、ついに反撃の機会を得た「やまと」だが、その直後、後方に新たな原子力潜水艦が出現！驚くべきことに「シーウルフ」は2艦存在したのだ！

独立戦闘国家「やまと」は米原子力潜水艦シーウルフ2艦を撃破。浮上した「やまと」は鏡水会党首・大滝淳から会見の申し入れの通信を受ける。一方、米大統領ベネットは「やまと」の米本土接近の危機を訴えると同時に、「やまと」を支持する日本の態度を激しく非難。米国内に反日デモが沸き起こる。日本の選挙戦が一層激化する中、大滝は海外のマスコミと共に北極圏にいた。

鏡水会党首・大滝淳は、「やまと」艦長・海江田四郎と北極海で会見。「やまと」保険構想を明らかにし、海江田の承諾を得る。その足で大滝は英ライズ保険に乗り込み、保険の成立を認めさせる交渉を成功させ、選挙戦が激化する日本へ帰国した。そして、投票日を間近に控えた1月3日、大滝を含めた主要4党首によるテレビ討論会が開かれる。

日本の衆議院選挙戦は、主要4党の党首による激烈なテレビ討論会を経て、とうとう雪の投票日を迎える。激戦の末、待っていた結果は――！？そして日本政府の首相の座につくのは誰なのか！？その一方、ニューヨーク沖では米大西洋艦隊が総動員で展開。「やまと」に対する完全勝利を期し、領海侵入を想定した軍事演習が行われていた。

ワシントン・サミットへ向け、各国首脳が米国へと集結する中、ニューヨーク沖では「やまと」と米大西洋艦隊40艦がついに激突した。米海軍の要撃作戦“ナイアガラ・フォールズ”を、「やまと」は爆圧を利用した原子力潜水艦初の操艦“飛行”により回避。探信音のみによる攻撃を続ける。「やまと」と米艦隊の、1艦も失われない奇妙な戦闘が続いていた。

探信音のみを使用した奇妙な戦略を続けていた「やまと」が、ついに米大西洋艦隊に対し魚雷攻撃を開始！火と油に染まってゆくニューヨーク沖の悲惨な光景を全世界が目撃することに。米大西洋艦隊全40艦のうち39艦までを撃破し、圧倒的な戦闘力を見せる「やまと」は、残るただ1艦の空母「T（セオドア）・ルーズベルト」に向かっていく。

米空母艦載機の体当たりの攻撃を受け「やまと」の魚雷発射装置が故障。使用可能な発射管がただ1門のみという危機的状況の中、二手に分かれた米大西洋艦隊の中央を通り抜けた。再び一団となった同艦隊は「やまと」の背後から大量のアスロック魚雷を発射するが、「やまと」は艦を180度回頭し、魚雷全弾を引き連れて同艦隊へと逆戻りを開始するのであった。