日米は、世界でも類をみない高性能な原子力潜水艦「シーバット」を、極秘裡に造り上げる。日本によって資金、技術提供をされた日本初の原潜であったが、米第7艦隊所属という、数奇の宿命を背負った落とし子でもあった。艦長には、海自一の操艦と慎重さを誇る海江田四郎が任命された。が、海江田は突如、試験航海中に指揮下を離れ、深海へと潜行する。米軍は「シーバット」を敵と見なし、撃沈のため第3、第7艦隊を南太平洋に集結。しかし、大胆にもシーバットは艦隊中最大の空母「カールビンソン」の目前に堂々と浮上。独立国家「やまと」を全世界に向けて宣言したのだった。

日米共謀により極秘裡に建造された日本初の原子力潜水艦「シーバット」。その艦長に任命された海江田四郎は、試験航海中、突如反乱逃亡。事態を重く見た米軍は、第7・第3艦隊を南太平洋に集結させた。だが、逃亡したはずの「シーバット」は、追撃してきた米海軍の前に出現。包囲網をしく米原潜艦隊に対し対潜魚雷を発射した！！「キミはたった1艦で第7艦隊を本気にさせた。これ以上何が望みだ、乗員の命か！」「完全なる独立…！」

米軍所属を条件に建造された日本初の原子力潜水艦「シーバット」は、艦長・海江田四郎の指揮によって試験航海中に突如反乱逃亡した。「シーバット」撃沈を決定した米軍は、第7・第3艦隊を南太平洋に集結させるが、海江田は大胆にも米空母「カールビンソン」の正面に「シーバット」を浮上させ、全世界に向けて独立国「やまと」を宣言した。「これは我々が真の自由を得るために避けることの出来ない戦闘なのだ」

試験航海中、突如反乱逃亡した日本初の原子力潜水艦「シーバット」。艦長・海江田四郎は、追撃してきたアメリカ第7艦隊中央に、「シーバット」を浮上させ、独立国「やまと」を宣言した。第7艦隊、そして米潜水艦隊の包囲網を突破した「シーバット」は、沖縄沖に出現。しかし、そこにはソ連最強の原子力潜水艦「レッド・スコーピオン」を操るロブコフ大佐が待ち受けていた。「スコーピオンに真の戦闘を見せてやる」

突如反乱逃亡した、日本初の原子力潜水艦「シーバット」。艦長・海江田四郎は、全世界に向け独立国「やまと」を宣言、同盟締結のため日本へ向かった。一方、日本政府は「シーバット」追撃にため沖縄沖に集結した米・ソ両超大国の太平洋艦隊から「シーバット」を擁護するため、海上自衛隊第2護衛艦隊の出動を決定。沖縄沖で、日・米・ソ3国が一触即発の状態に入った。「滅びるのはお前らだ。正義とは何かを考えぬお前らだ！！」

独立国「やまと」を宣言した原子力潜水艦「シーバット」。「やまと」の処分をめぐり対立する日米両政府は、ハワイにおいて首脳会談を設けた。しかし交渉は難航、首脳会談の収拾がつかぬまま、米第3艦隊は同盟国である日本の護衛艦隊に対しミサイル攻撃を開始。一方、ソ連艦隊と交戦中の「やまと」は、ソ連空母「ミンスク」直下でソ連潜水艦隊に包囲されていた。「必ず日本はアメリカを乗っ取るぞ！！」

独立国「やまと」を宣言した原潜「シーバット」。海江田四郎率いる「やまと」は、世界に新しい軍事バランスを生みだそうとしていた。「やまと」の処分をめぐり対立する日米首脳会談の席上、米大統領ニコラス・J・ベネットは日本政府に対し、日本再占領を通告した。一方、日・米・ソ3国の艦隊が対峙する沖縄沖では、ソ連潜水艦隊の包囲網を突破した「やまと」が米空母「ミッドウエー」に向け、魚雷を発射する。

独立国家「やまと」は米第3艦隊へ総攻撃を開始、壊滅的打撃をあたえる。搭載していた通常兵器を全て使い果たした「やまと」は、「核」の驚異と共に深海へ潜航していく。――国士の対等な会話は、最終兵器を突きつけあう事で成立する――「やまと」は世界に、その真実を見せつけようとしていた。一方、「やまと」との同盟締結を決意した日本政府は、事件の調停を国連安保理事会にゆだねた。「理想というものはたかだか一国の都合のみで阻まれるものではない」

独立国家「やまと」との同盟を決意した日本政府は、国連安保理事会において同盟案の承認をえるべく、各国大使に対して必死の説得を続ける。一方、米第3艦隊へ総攻撃で通常兵器を使い果たし“核”のみを搭載する「やまと」は、日本政府の要請に応じ大島沖に浮上。米原潜部隊が待ち伏せる東京湾に近づきつつあった。

独立戦闘国家「やまと」元首・海江田は単身東京に上陸。ついに日本政府と「やまと」は友好条約を締結させた。その直後、竹上総理は自衛隊と「やまと」の指揮権を、期限付きながら国連に委ねたいと発表する。一方、日本政府が「やまと」の補給・点検のため派遣した移動浮きドック「サザンクロス」は、米軍の制止を振り切り東京湾へ入港、懸命に「やまと」との接触を試みる。