「亜人」と呼ばれるその生物は「死なない」。高校生・永井圭はある日、交通事故で死ぬが、その直後に生き返った。それは、彼が亜人であり、人間ではないことを意味する。圭をとりまく環境は一変した。彼は人間たちから逃げ惑うことになる。友人のカイは、怯える圭を助けるために駆けつけ、ふたりで人里を離れて山の中に逃げ込んだ。そんな彼に人間と敵対する亜人たちが接触してきた。――彼は何と戦い、誰と生きればいいんだろう？

当局の管理下にない自由亜人・サトウ登場。人間との抗争を辞さないサトウは亜人の同志・田中と共に永井圭奪還を図り武装蜂起した！

既存の人類との共生か、それとも敵対か――。亜人となった永井圭が最初に接触を試みた同朋、「帽子」こと佐藤の正体は凶暴なテロリストであった。自分に凄惨な人体実験を行った当局の研究員の命をめぐって、永井圭は皮肉にも佐藤との全面対決に踏みきる。

不死の新生物・亜人となった高校生・永井圭。その圭を仲間に取り込もうとして失敗した亜人テロリスト・佐藤は、在野の亜人に結集を呼びかけた。招集に応じた亜人たちに佐藤は人類虐殺を提案する。その計画に異を唱えた者は拘束、監禁されたが、ただ一人、亜人の少年・中野攻だけが、離脱に成功した。攻は佐藤の兇行を阻止するために、亜人の仲間を求めて、永井圭との合流を試みる！

不死の新生物・亜人となった高校生・永井圭（ながい・けい）は亜人テロリスト・佐藤（さとう）の策謀により当局に捕獲されるが、自力での脱出に成功、山村に潜伏した。佐藤は人類との全面対決を宣言し、市街地のビルに旅客機を墜落させ、現場に結集した警視庁特殊急襲部隊（SAT）を亜人の仲間達とともに殲滅した。全国に亜人の恐怖が蔓延する中、武装した村人達に追いたてられた圭は亜人の仲間・中野攻（なかの・こう）とともに村を脱出し佐藤への反撃を開始する！

不死のテロリスト・佐藤（さとう）たちの大規模テロにより、亜人の恐怖が全国に蔓延した。そんな中、亜人として全人類に追われつつ寒村に潜伏していた高校生・永井圭（ながい・けい）は、同朋の少年・中野攻（なかの・こう）とともに、佐藤を止めることを決意する。亜人管理委員会の戸崎（とさき）と手を組むことで、亜人研究の権威、オグラ・イクヤ博士に会い、下村泉（しもむら・いずみ）や管理委員会のメンバーとも関わることになった圭。激変する戦況の中で、佐藤との最終決戦が迫る！

不死のテロリスト・佐藤の凶行は第2ウェーブへと移行。亜人利権に浴する要人11人の暗殺を開始した。佐藤を止めるべく永井圭は亜人管理委員会の戸崎とその配下の戦闘集団と共闘することを決意。暗殺リスト11人のうち「フォージ安全」社長・甲斐敬一とその秘書・李奈緒美に狙いを絞り佐藤要撃を目指す。

亜人テロリスト・佐藤（さとう）が殺害対象に選んだフォージ安全社長・甲斐敬一（かい・けいいち）の警護のため、永井圭（ながい・けい）と戸崎（とさき）たちはフォージ安全ビル内に潜伏した。襲撃してきた亜人テロリストたちを一網打尽にするための作戦を仕掛けた永井圭。だが、そこに佐藤の姿はなかった。佐藤をおびき寄せる作戦にシフトし、圭は佐藤が現れるのを待つ。圭と佐藤の対決の時が再びやってくる。

フォージ安全ビルに不死の亜人テロリスト・佐藤が侵入！　社長とその秘書を護るために永井圭は社長室のある15階へと向かう。先回りした佐藤は圭の仲間の黒服たちと交戦し、これを粉砕していく。佐藤の脅威をここで止めるべく、亜人管理委員会の戸崎は建物を完全封鎖。一切の出入りが不可能な巨大な棺桶と化したビルの中で社長室フロアに駆けつけた圭が、佐藤と激突する！

フォージ安全ビルでの激闘は永井圭と亜人管理委員会のトップ・戸崎たちが組んだ共同戦線に壊滅的打撃を与えた。圭は母との電話の後に姿をくらまし、亜人テロリスト・佐藤は厚生労働省と接触を図る。だが戸崎を始め、生き残った者たちは、このままで済ませるつもりはない。チームは再び立ち上がり、反撃の準備を着々と進める。さらに、国内第001番目の亜人が明らかになり、佐藤が亜人として目覚めた瞬間も描かれる！