フォージビルで潰滅的打撃を受けた永井と亜人管理委員会の面々。佐藤を倒すために再び集結した彼らだが、永井たちに作戦と呼べるようなものは何もなかった。それでも行動を起こす永井だが、亜人の行動を規制し状況をさらに緊迫化させる新亜人管理法案が可決。日本を統治すると豪語する佐藤は厚労相との会談を取り付ける。会談場所のある入間市に向かう永井たちだが、そこは、永井が生まれ、育ち、そして死んだ場所だった。

亜人の少年・永井圭の生まれた街にある軍事基地で行われる年中行事「基地祭」の会場に佐藤が現れた。佐藤は自衛隊と戦闘を開始。武器庫を占拠し、装備も奪われた。そのうえ総理も襲われ、軟禁されてしまう。永井は現場へと急ぐ。

亜人テロリスト佐藤を止めろ！　「２時間でこの国の主要機関をすべて沈黙させる」と宣言し、第３ウェーブに突入した佐藤。亜人の少年・永井圭は佐藤の目論見を粉砕するために入間基地に侵入した。戦闘機に乗りこんだ佐藤に戦いを挑む圭！　対決の時が迫る！！

新世代の亜人達が現れた！　第３ウェーブ突入を宣言した亜人テロリスト佐藤のシンパに亜人が複数人存在し彼らのＩＢＭが中野攻、下村泉達へと襲いかかる。入間基地を占拠し、さらに首相を拘束した佐藤は「２時間でこの国の主要機関をすべて沈黙させる」と宣言し戦闘機に乗り込み超高速の波状攻撃を仕掛ける！　対亜人特選群と共闘関係を結んだ永井圭は極限状態の中、佐藤に対抗しうる作戦を立案！　実行に必要なのは時間と仲間だ！

死なない新生物・亜人にしてテロリストである佐藤は入間基地を占拠し、さらに首相を拘束した。佐藤は「２時間でこの国の主要機関をすべて沈黙させる」と宣言し戦闘機に乗り込み超高速の波状攻撃を仕掛ける！　対亜人特選群と共闘関係を結んだ永井圭は極限状態の中、佐藤に対抗しうる作戦を立案！　そして、佐藤を戦わずして封じ込める作戦を実行した！　戦火が拡大する入間基地の永井を援護すべく海斗もついに参戦！！

死なない新生物・亜人にしてテロリストである佐藤は入間基地を占拠し、戦闘機で国内の重要施設に超高速の波状攻撃を仕掛ける！　対亜人特選群と共闘関係を結んだ永井圭は極限状態の中、佐藤に対抗しうる作戦を立案！　下村、田中、秋山、中野らとの共同作戦は佐藤を戦わずして封じ込めるというものだった！　戦火が拡大する入間基地の永井を援護すべく海斗も参戦する！　だが、海斗が銃撃されたのを目の当たりにした永井はフラッド現象を発現してしまう。佐藤も同調して大量のＩＢＭが入間基地を埋め尽くした。そして、基地に向かうオグラ・イクヤ博士の口から亜人誕生の瞬間が語られる。

死なない新生物・亜人にしてテロリストである佐藤は入間基地を占拠し、戦闘機で国内の重要施設に超高速の波状攻撃を仕掛ける！　対亜人特選群と共闘関係を結んだ永井圭は極限状態の中、佐藤に対抗しうる作戦を立案！　下村、田中、秋山、中野らとの共同作戦は佐藤を戦わずして封じ込めるというものだった！　戦火が拡大する入間基地の永井を援護すべく海斗も参戦する！　だが、海斗が銃撃されたのを目の当たりにした永井はフラッド現象を発現してしまう。佐藤も同調して大量のＩＢＭが入間基地を埋め尽くした。そして、基地に向かうオグラ・イクヤ博士の口から亜人誕生の瞬間が語られる。入間基地を脱出して国外への逃亡を図る佐藤を足止めするために永井は全力を尽くす。そして、永井と佐藤との因縁の対決についに終止符が打たれる！！　すべてが決着する最終巻！！