西暦2000年、日本は中国の核実験トラブルで近海に核をうちこまれ、壊滅状態となる。残された一部の日本人は米軍の管理するシェルタードームZOO（ズー）に収容されて暮らしていた。17年後、ZOOの中では、2000年の自分＝前世にトリップできる薬“Zero”が流行。少年・ゲオたちは“Zero”を売りさばいていたが、仲間の一人・カイエが何者かに殺されてしまう。容疑者として連行されたゲオと伐（バツ）は、ZOOの外へ脱走しようとするが…。

伐（バツ）の持つクリスタル・チップは、米軍の日本人管理施設・ZOO（ズー）の下にある世界最大のコンピューター“ジパング”の一部だった。機密を知ったゲオたちはZOOから逃走するが、隠れ家が軍の襲撃に遭ってしまう。仲間とはぐれたゲオは、反ZOO派に拾われるが、そこは「黙示録ジパング」と、救世主（メシア）とされる双子・紗球那耶（シャグナーヤ）と雅羅沙（ガラシャ）が支配する世界だった。一方、ZEROの世界の友也たちは、黙示録をモチーフにしたゲーム「プロジェクト・ジパング」にハマり始め…。

２０００年夏、核爆撃直前の日本。平和で平凡な毎日を過ごす高校生達は、神の称号をもらうゲーム「プロジェクト・ジパング」にハマり、ついにプログラムを完成させる。だがそこで表示されたのは日本への核爆弾投下プロジェクトだった。友也（トモヤ）・横田（ヨコタ）・明史（アキフミ）は半信半疑ながら、それぞれに真相を探ろうとするが、ついに８月９日を迎えてしまうことに――。そして２０１７年の日本では、ゲームで選ばれた“１２天”の生き残りや生まれ変わりが次々に命を狙われていた…。

ＺＯＯ－Ｘ（ズーエックス）の旧科学者棟に潜入したゲオは、父・影尾明（カゲオアキラ）がクローン研究をし、自らのクローン・暁（アキラ）を何十体も作り続けていたことを知る。「オレは父さんのクローンなのか…？」思い悩むゲオは、父のかつての研究室に潜入し、ある真実を知る――。一方、米軍は精鋭部隊を集結させ、クリスタル・チップの奪回と伐（バツ）の身柄確保作戦を開始。“１２天”であるザットとガラシャは、何者かに命を狙われ始める…。

何者かによる“１２天”狩りのなか、ザットが死亡。戦いで負傷したゲオはガラシャ、キバとともにＺＯＯ－Ｙ（ズーワイ）に潜伏し、新たなＺＯＯの情報を知ることに。コカはＺｅｒｏ症候群（シンドローム）から覚醒するが、ある記憶を失っていた。そしてアギは、残った“１２天”からキーワードを集めようとし、火天（かてん）・エノモトハルカにめぐり会う。一方、行方不明になっていた伐（バツ）は軍に捕らわれ、自らに眠る秘密に気づき始め…？

憧れの地・新都は崩壊した。再びキバ達の所へ戻ったゲオは、元帥に捕らわれたジュリアを助け出すためＺＯＯ－Ｚ（ズーゼット）に向かう。そのころ、スラムに逃げ込んだアギとコカたちは、クリスタル・チップを奪うためハルカを元帥の後宮に送り出す。ガラシャも合流し、“ＺＩＰ（ジップ）”起動を止める“１２天”のキーワードがついに揃うはずが…？追加描きおろしページや、「ａｎ　ｅｘｔｒａ」も収録した、衝撃の完結巻！