そこは、とある運動不足な人間の身体の中。長らくの不摂生な生活ですっかりパワーを失っていた筋細胞たちだったが、ある日突然筋トレが始まり、復活の機会が訪れた！「なんだそのバキバキの腹筋、板チョコかーっ!!」オーバーワークや筋肉痛、ストレスによる筋肉の分解などのトラブルが起こる中、新人赤血球の応援を受け、筋細胞たちは日々たくましく成長していくのだった…ッ！理想の身体を目指す全人類に捧げる、『はたらく細胞』シリーズ初のムキムキスピンオフ第１巻！

なぜか急速に生活が改善し、睡眠不足や「つきあい酒」に悩まされることなく、筋トレを謳歌できるようになった身体の中。神経細胞が、その理由に独り思い悩む一方、ウキウキではたらく赤血球は「そもそも筋肥大って何がいいの？」「筋トレ後の”サウナ”のメリットって？」「プロテインって魔法の粉なの？」などなど、新たな疑問やトラブルに遭遇してゆく。新キャラもゾクゾク登場で、ますますキレてる第２巻！

「カイシャ」なるものを辞めて生活が改善し、筋トレが盛んになっている身体の中。筋肉について熱心に勉強中の赤血球は、ある日「脂肪が筋肉に変わることがあるらしい」というウワサを耳にする。身体の役に立ちたい赤血球は、脂肪細胞に協力してもらい、ウワサの検証に挑む！しかし探り探りの実験は、どんどん怪しい方向へ…。他にも、突如筋トレが中止させられたり、「筋トレが三日坊主で終わった」並行世界《パラレルワールド》に行っちゃったりと事件発生！トラブルを乗り越えて絆も筋肉もより強く。目が離せない第３巻！

身体中を騒がせていた、謎の「ドクン」という鼓動。その原因は、なんとーー「恋」なる感情だった！なにやら素敵な響きに心おどらせる赤血球は、「恋」を成就させるべく、ますます筋トレの応援に熱中！そして精力的に身体を巡るうち、またもや「同じ筋トレばかりしていると、成長が止まる！？」「年を取った時に筋肉に訪れる危機がある！？」などなどたくさんのトラブルに遭遇することに。筋トレで恋は実るのか？ 情熱バキバキ第４巻！！

ツラい失恋をなんとか乗り越え、平穏を取り戻したかのように見えた身体の中。しかし突如、失禁寸前＆膝ガクガクの異常事態発生！脳には「当たった」という謎の報告が…。それをきっかけに身体を取り巻く環境は激変し、細胞たちは「大会」なるものでの勝利に向けて邁進することに。赤血球も、「血糖値スパイク」、「減量期」、「アナボリックステロイド」など、様々な事件と向き合うことに。熱き苦闘のゆくえに刮目せよ！ 全てを出し切る最終第５巻!!