信州の旧家の息女・御城紫信(おしろ・しのぶ)は、六つの時に親許を離れ、遠縁の中学教師・幸田正吾の家で暮らす中学二年生。そんな紫信のクラスへ転校してきたのは、気弱な幼なじみ・奥才蔵(おく・さいぞう)。彼は紫信を守るために来た忍者だと言うのだが…!?

名門・御城家の後継者ゆえに、何者かに狙われる紫信と、彼女の護衛を務める才蔵。そんな二人の前に現れたのは、才蔵の幼なじみで兄貴分の三島左介だった!! 紫信と犬猿の仲の左介は、才蔵を連れ戻しに来たのだが…!?

体育祭に向けて練習に励む紫信たち。そんな時期に、動物使いのくの一・筧千代がやって来た…！才蔵が好きな彼女は、紫信に才蔵を賭けた勝負を挑む。そして体育祭…騎馬戦に参加した紫信を、乱入した千代が狙うが…!?

才蔵にラブ☆なくの一・千代の乱入でドタバタだった文化祭がやっと終了。そのおかげか紫信と才蔵の関係が、主従関係から微妙に変化…。その頃、行方不明の左介の兄・望の目撃情報が！だが、望との接触禁止を命じられ不満の左介は、里へ直談判に…。

三島家長男・義人の命令に背いて、望みに会いに向かった左介と才蔵＆紫信。義人の追っ手を振り切って望と再会した左介は、不意に望から攻撃されたところを才蔵に助けられて危機を脱する。だがその隙に、紫信が望の仲間にさらわれて…!?

紫信の秘密を探る望たちの事件をきっかけに、急速に惹かれあう紫信と才蔵。秘すべき想いを募らせた才蔵は、熱でうなされる紫信にキスしてしまう。それを知った紫信は何と…!! 二人の思いは主従関係を越え、遂に急接近!?

『私は御城家の本当の嫡子ではない…』紫信の告白に衝撃を受ける才蔵だったが、それでもなお、加速していく二人の想い。しかし年始の里帰りで正吾の実家を訪れた二人は、そこで意外な人物の写真を見つけて…!?

紫信の本当の父親は正吾だった…!? 正吾にそう信じていると告げられた松子は過労で倒れる。紫信は才蔵らと共に母の見舞いに駆けつけるが、里では不穏な空気が渦巻いていた!! 遂に姿を現した反御城組織の正体とは…!?

才蔵の裏切りで反御城組織に捕らえられた紫信は、そこで初めて、自分の父の非道を知る。一方、左介と千代は紫信が捕らえられている寺に潜入。敵側の筈であった才蔵の手引きで紫信の救出に成功するが、才蔵は義人に捕らえられてしまい…!?

ユーリたちの襲撃から逃げ延びた紫信と才蔵は、御城の地下で左介と合流。真実を知るために松子の元へと向かう。そこへ、御城の当主の証である痣を持つ少女が現れた！ その少女の名は多由耶。幼い頃に彼女と出会ったことのある紫信は、驚愕の事実に気付くのだが…!?