二〇九六年九月のある日、達也たちの自宅を従姉弟の黒羽亜夜子と文弥が訪れる。彼女らが携えてきた四葉家当主・真夜からの手紙、それはパラサイドール事件の黒幕であるテロリスト・周公瑾の捕縛について達也へ協力を乞うものだった。依頼を果たすため、達也は十師族の一つ・九島家の先代当主である九島烈に面談を申し込む。それは、古くから続く魔法師たちの因縁の輪の中へと飛び込むことを意味していた――!!

「伝統派」に匿われているテロリスト・周公瑾を追う達也たちは、九島烈の協力を取り付けることに成功した。そのときに出会った九島烈の孫・光宣の案内で、達也たちは奈良に点在する「伝統派」の拠点の調査を開始する。一方、第一高校では論文コンペに向けた準備が本格化。だが慌ただしい日々の陰で、達也の友人たちを狙う者たちの姿があった……。日本の魔法師たちの因縁から生じた魔の手は、ついに達也たちの生活をも脅かす事態に――!?

達也たちが「伝統派」に匿われているテロリスト・周公瑾を追う一方、一高では月末の論文コンペに向けた準備が着々と進められていた。そんな折、七草真由美が達也のもとを訪れたことで、校内は騒然とする。真由美は、自身のボディガードを務めていた名倉三郎が殺害された真相を探るため、達也へ相談にやってきたのだ。彼女の話から周公瑾と七草家の関係にまつわる秘密の一端を掴んだ達也は、協力を約束するのだが……。論文コンペの警備の下見を名目に京都に降り立った達也と深雪、そして友人たち。奈良と並び「伝統派」が多くの拠点を構えるこの地で彼らを待ち受けているものとは……？

京都に潜む周公瑾の痕跡を追い、「伝統派」の拠点のひとつである食事処を訪れた達也たち。そこで彼らは、この国で長きに渡り続いてきた争いの別の面を知ることになる。論文コンペの下見に訪れていた一条将輝、ボディガードの死の真相を追う七草真由美と合流し達也たちはさらなる事態の深奥へと足を踏み入れていくが……!?

妹たちが東京に戻ったあとも司波達也はひとり京都探索を続ける。七草真由美とのちょっとしたアクシデントもなんとか乗り越え、「伝統派」の拠点へと乗り込んだ達也は、そこでテロリスト・周公瑾へと繋がる確かな情報を入手する。そして迎えた論文コンペ本番。事前の手はず通り、会場から一人抜け出した達也は、ついに周公瑾の身柄を押さえるべく決戦の地に乗り込む!!