「アラクニド」から派生したもう一つの「蟲」同士の戦いがここに！　「組織」に飼い慣らされた「芋蟲」の孤独な戦いが始まる!!

姉の美香は孤児院の職員に殺されてしまう。現場を目撃した妹の美樹はその場にいた全員を惨殺する…。そして、病院で保護された美樹は「雀蜂」と出会う…。「芋蟲」の過去と「鳳蝶」には因縁があるのか？　すべての謎を解くために新たなパートナーと戦場へ!!

豪華客船で行われるパーティーに「鳳蝶」から招待された「芋蟲」と「華蟷螂」。罠だと知りつつ参加した二人だが、船内では「芋蟲」を標的とした「害蟲駆除」と呼ばれるゲームが行われてた。そして、次々と参加する凶悪な「蟲」が現れる!!

「芋蟲」たちは敵が持つ「黒い封書」を奪うため船内で激闘を繰り広げていた。「華蟷螂」は「ナナフシ」を倒し新たな封書をてに入れる。一方、集合場所が分からなくなってしまった「芋蟲」の前に「浮塵化」と名乗る老人が現れる…。

「害蟲駆除」の主催者「鳳蝶」の正体は過去に「芋蟲」が育った施設の園長、柳亜貴穂だった。しかし、未だ亜貴穂の存在に気づいていない「芋蟲」は船内で激闘を繰り広げていた。そして、「芋蟲」の前に現れたのは「兜蟲」と「ゴキブリ」のコンビだった！　二人の強敵に「芋蟲」は…。

「兜蟲」と激闘を繰り広げている「芋蟲」…。そんな「兜蟲」の口から「害蟲駆除」の首謀者が柳亜貴穂であることを告げられるが…！　一方、「芋蟲」と合流するため行動している「華蟷螂」の前にかつて「華蟷螂」の才を見出し、育てた「樹肌蟷螂」が現れる！　「華蟷螂」の悲しくも過酷な過去が明らかになる…!!

「華蟷螂」と「樹肌蟷螂」の前に立ち塞がった、最強の害虫「針蟻」。「針蟻」の猛攻に危機を迎える「樹肌蟷螂」であったが、そこに現れたのは意外な人物だった…。一方、船内を彷徨う「芋蟲」は何故か気を失って捕えられてしまっていた！

「兜蟲」の前に現れた「鍬形四人衆」。彼らは一人前の暗殺者となるため、「果樹園」で「兜蟲」に訓練という名の虐待をされてきたかつての教え子だった！　一方、「華蟷螂」と合流した「芋蟲」は、師匠の「岩峰正一郎」より「害蟲駆除」の首謀者・「鳳蝶」に関して意外な事実を告げられる…。さらに、「蟲」OD第１位の猛者がついに登場。船上での「害蟲駆除」は、ますます激戦へ!!

「鍬形四人衆」を圧倒的な力でねじ伏せた「兜蟲」。しかし、敗れたはずの「姫鍬形」には別人格の「大鍬形」が潜んでいた。「兜蟲」の力をも凌ぐ「大鍬形」にはまだ見せていない秘密がある…。そして、最悪の破壊者が目覚めることに!!

「平鍬形」に追い詰められた「兜蟲」がついに最強の武器「闘神角」を手にする！　果たして勝負の行方は…。一方、「芋蟲」とは別ルートで「鳳蝶」の元に向かう師匠、岩峰は「蟲」OD（エントマ・オーダー）１位の「筬蟲」と対峙する。「筬蟲」と岩峰には浅からぬ因縁があり…。更に、別ルートでは「芋蟲」と「針蟻」が再び激突する!!　「害蟲駆除」はいよいよクライマックスを迎える!!