リゼンブールで邂逅したエドと父・ホーエンハイム。そこで残された父の言葉にひとつの疑問を抱くエド。真実を知ろうとするエドは埋葬した「あれ」を掘り起こす。そして残酷なまでの現実に直面する。真理は残酷だが正しい…だが、それは新たな希望の始まりでもあった…。セントラルへ戻ったエドは、『賢者の石』の情報を得るため、リンたちと共同戦線を張ることに。そしてホムンクルスをおびき出すべく傷の男・スカーと再び対峙するのだった！

ホムンクルスを捕縛すべくリンと共同戦線を張るエルリック兄弟は、再び傷の男・スカーと相まみえる。一方、リンとランファンはおびき出されたグラトニーと、キング・ブラッドレイと対峙する。しかし、圧倒的な戦闘能力を誇るホムンクルスを前に絶望の淵へと追い詰められていくのだった……。　果たして、エドたちはホムンクルスを捕らえることができるのか？　そして、交戦のさなかウィンリィは両親の死の原因を知る……。

エンヴィー、グラトニーVSエド、アル、リン！　その激闘はあっけなく幕切れを迎える。全てを“飲み尽くす”グラトニーの異能力によって…。現実と真理の狭間にある広大な空間に閉じ込められたエドとリンは、エンヴィーと一時共闘することによって困難を打破しようとする。しかしエンヴィーの口から次々と明かされる『賢者の石』を巡る策謀の数々に、愕然とするエド。時を同じくして、大総統府へ乗り込んでいたロイもまた、国家を巻き込むホムンクルスの陰謀を知ることになる…。

ホムンクルスに「お父様」と呼ばれるナゾの男。その姿形はエルリック兄弟の父ヴァン・ホーエンハイムと瓜二つだった!!　男が操る等価交換の法則を無視した圧倒的な力を前に、為す術なく捕らえられるエドとアル。そしてリンは体内に賢者の石を流し込まれそうになる。だが、そのとき彼は不老不死の秘密に迫るため、自ら賢者の石に取り込まれることを決意する！

「賢者の石」「軍部に暗躍するホムンクルス」。すべての謎がある一点を指し示す…、その名は《イシュヴァール殲滅戦》。軍事国家として急成長を遂げるきっかけとなった最大の内乱は、エドやスカーの出現により新たな解釈とともに再構築される。ロイ、リザ、マルコー、アームストロングとノックス、そしてスカー。固く口を閉ざし語られることのなかった過去が、今明らかになる。

北へ!!　ホムンクルスが「お父様」と呼ぶ男によって錬金術の発動を止められたさなか、メイとスカーが使用した東方の錬金術『錬丹術』の謎を追うことに。メイが北へ旅立ったという情報を得た兄弟は一路、北方司令部よりさらに北に位置する隣国ドラクマとの国境付近を目指す。「賢者の石」を体内に隠すキンブリーの出獄！　“ブリッグズの北壁”アームストロング少将登場！　物語は新たな局面に向けて静かに動き出す。

ブリッグズの地下にホムンクルスが掘り進めていた地下道。アメストリス国を大きく囲むように掘られたそれは、ある錬成陣を浮かび上がらせる。ホムンクルスの目的、そして血に塗れた国の歴史が明らかになる!!

ウィンリィを人質に、紅蓮の錬金術師キンブリーから軍に従うよう脅されたエドは、スカーの捜索に乗じて脱出する作戦を実行する。そして、両親の仇であるスカーと再会したウィンリィが下した決断は…。

明らかになってくる、中央司令部とホムンクルスの関係。野心がせめぎ合う中央司令部。その地下で、ホムンクルスの「お父様」は始まりの夢を見る…。一方、キンブリー達の手から逃れるため、エドはブリッグズ兵達と一計を案じる。賢者の石を持つキンブリーを倒すことはできるのか!?

多くの人を犠牲に作られる賢者の石…その罪に苛まれてきたマルコー。ただ嘆き悲しんできた過去を振り切り、償うことを決意する！　強大なホムンクルス・エンヴィーに対抗するマルコーの秘策とは!?　そして中央では、軍上層部へと入り込んだアームストロング少将に中央軍の邪悪な秘密が語られる…。状況は巡り、物語は大きく動き始める!!