人類最強の大賢者に拾われ、山で育ったフィル。賢者からの英才教育を受けた彼女は、素手でドラゴンを倒せるほどになっていた。ある日、賢者は孫を呼び出し、こう言った。「フィルよ、実はお前は女なんじゃ」「マジ？ ところで女ってなに？」性別すら知らない常識外れのフィルは常識を学ぶべく王立学院に入学することに。無自覚チート少女のワクワク学園生活が始まる！

人類最強の大賢者に拾われ、山で育ったフィルは王立学園の礼節科に入学することに。礼節科は、淑女を育てるための学科。礼節の“れ”の字も知らないフィルに、厳格な学科長から“ボクっ娘”改善命令が下る。フィルは自らの呼称を治すべく秘薬を求めエルフの村へ。しかし、そこには敵対心むき出しのエルフたちが待ち構えていた――。非常識チート少女による大人気ファンタジー待望のコミカライズ第２弾!!

強烈な嫉妬の欲望が原因で悪魔に憑りつかれたテレジア。テレジアを救いたいフィルは必死に呼びかけるが、説得ができず窮地に陥ってしまう――しかし、そこにセリカが現れテレジアから嫉妬の悪魔を引きはがすことに成功する。テレジアを利用していた悪魔を「絶対に許さない！」と怒り、大賢者（じいちゃん）とっておきの魔法で悪魔を倒すことに――無自覚チート少女による学園ファンタジー第3弾！

襲撃者を無事撃退したフィルたちは、ランスロートを味方につけることができた。その後、学園ではいつも通りフィルとセリカが仲良く一緒に過ごしていると、フィルを敵意むき出しで睨みつける獣人の少女ビアンカがいたーー。ビアンカの心の問題を解決すべく、フィルはビアンカを無人島に連れて行き２人でサバイバル生活をすることに！非常識チート少女による大人気ファンタジー第4弾！

無事ビアンカと友達になれたフィル。学園に戻りシエラとの約束の水着撮影をすることに――。これで今まで通りの生活に戻れると思いきや、フィルが水着コンテストに参加することになってしまう。しかし、水着コンテストが無事に終わるということもなく、また事件が発生してしまう！無自覚チート少女の学園ファンタジー第5弾！

事件が発生しながらもなんとか水着コンテスト終えたフィルたち。そんなフィルだが、アーリマンから元教え子で脱走した囚人の捕縛の依頼を受け、学園にある不思議なダンジョンに向かうことに。また、今までフィルに計画を邪魔されてきたロッテンマイヤーがフィルを消そうと動き出していた――。無自覚チート少女による学園ファンタジー第6弾！

3人に分裂してしまったフィル達。セリカたちはフィルをもとに戻そうと色々行うが成功しなかった。そんな中、学校生活を過ごしていたフィル達だったが、フィルのことをよく思っていない、風紀委員長のエスモアがロッテンマイヤーから悪魔の力を手に入れていた――。そして、フィルの事を消そうと動いていたロッテンマイヤーとフィルの最終決戦が行われる！無自覚チート少女による学園ファンタジー堂々の完結！