【『沈黙の艦隊』1～4巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】日米は、世界でも類をみない高性能な原子力潜水艦「シーバット」を、極秘裏に造り上げる。日本初の原潜であったが、米第7艦隊所属という、数奇の宿命を背負った落とし子でもあった。艦長には、海自一の操艦と慎重さを誇る海江田四郎が任命された。が、海江田は突如、試験航海中に指揮下を離れ、深海へと潜行する。

【『沈黙の艦隊』5～8巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】突如反乱逃亡した、日本初の原子力潜水艦「シーバット」。艦長・海江田四郎は、全世界に向け独立国「やまと」を宣言、同盟締結のため日本へ向かった。一方、日本政府は「シーバット」追撃のため沖縄沖に集結した米・ソ両超大国の太平洋艦隊から「シーバット」を擁護するため、海上自衛隊第2護衛艦隊の出動を決定――。

【『沈黙の艦隊』9～12巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】独立国家「やまと」との同盟を決意した日本政府は、国連安保理事会において同盟案の承認をえるべく、各国大使に対して必死の説得を続ける。一方、米第3艦隊へ総攻撃で通常兵器を使い果たし“核”のみを搭載する「やまと」は、日本政府の要請に応じ大島沖に浮上。米原潜部隊が待ち伏せる東京湾に近づきつつあった。

【『沈黙の艦隊』13～16巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】米大統領ベネットは、北極海へ進入した「やまと」に対し、その撃沈作戦“オペレーション・オーロラ”を発動した。北極海に展開する戦略原子力潜水艦の引き揚げを敢行し、その一方で米海軍の切り札、最新鋭攻撃型の原子力潜水艦「シーウルフ」を北極海に派遣するというのだ！冠氷下を舞台に死闘が今、始まろうとしていた。

【『沈黙の艦隊』17～20巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】日本の衆議院選挙戦は、主要4党の党首による激烈なテレビ討論会を経て、とうとう雪の投票日を迎える。激戦の末、待っていた結果は――！？そして日本政府の首相の座につくのは誰なのか！？

【『沈黙の艦隊』21～24巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】米大統領ベネットは「やまと」の核による攻撃を覚悟の上で、米大西洋艦隊に総攻撃を指示。それを受けついに、「やまと」から2発のハープーンミサイルが発射された！ハープーンミサイルは意外にも空砲であったが、世界は“核”の恐怖を改めて体験することに…。

【『沈黙の艦隊』25～28巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】ワシントン・サミットは、“攻撃”を決定し散会。米政府は、無防備な停船を続ける「やまと」に対し、とうとう最終降伏勧告を通達した！対潜ヘリ部隊30機が出動、総攻撃開始の時が刻々と迫る。世界が再び“核”の恐怖におびやかされる中、艦長・海江田は人質ともいえる米ACNのTVクルー5名を退鑑させ、米政府に対し最後通牒を開始！

【『沈黙の艦隊』29～32巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】米空母「J・F・Ｋ（ジョン・F・ケネディ）」との激突から奇跡の生還を果たした「やまと」は、ついにニューヨークに入港した。海江田は艦橋より、4ヵ国原子力潜水艦の集結と、国連総会の開催を要求する。