東京湾上に浮かぶ旧ショッカー基地で、「始まりの男」1号と「我こそはショッカー」の自負を背負う地獄大使の、因縁深き戦いがついに決着！　一方、戦いを終えたZXこと村雨良（むらさめ・りょう）のもとに現われたのは、JUDO復活を待ち望み、大首領の器としての村雨を慕うデルザーの魔人たちだった。岩石大首領とともに村雨に襲いかかるデルザー軍団だったが、その村雨を救ったのは、なんと死んだはずの姉・しずかそっくりの……。

SPIRITS前線基地に連れてこられた村雨（むらさめ）しずかのクローンは、基地にあった銀の髑髏と共鳴し、アマテラスの姿へと変身を遂げた。殺戮を重ね、SPIRITS基地内を混乱に陥れるアマテラス――。脳裏をよぎる姉の面影に、村雨良（りょう）は何を思う!?　一方、暗闇大使は、胸中の謀略をついに実行へと移し、勢力図の書き換えに乗り出した。仮面ライダー、バダン、デルザー軍団、三つ巴の激突は、戦場に混沌の渦を描くのか――!?

「風見……やるんだ　『変身』を」――バダンシンドロームに冒された人々を思いのまま操るジェットコンドル、改め暗黒大将軍。起動不能のダブルタイフーンを抱え、生身のままデルザー魔人との戦いに挑む風見志郎は、V3へと再び変身することが出来るのか!?

1号と2号によるダブルタイフーンの強制起動で、ついに風見志郎はV3への復活を果たした。だが、その姿はかつて見たことのない半透明のボディで、風見は湧き起こる破壊の衝動に駆り立てられていた。そして、かねてサザングロスに潜入していた結城丈二は、風見の動静を見届けると、ある考えを実行に移そうとし……。

思念体となることで「虚無の牢獄」への侵入を果たしたライダーマンは、一騎討ちで大首領JUDOを討ち果たさんとする。“異端の仮面ライダー”ゆえの勝機を見いだした刹那に、反撃の機を探るJUDOが掴んだ「記録」……それは理想と現実の狭間でもがき苦しむ若き日の結城丈二の姿だった──。

思念体となり、虚無の牢獄でＪＵＤＯとの一騎打ちに臨んだライダーマンは、ＪＵＤＯの圧倒的な力に現実世界に弾き返されてしまう。その余波でサザングロスは暴走を始め、突如出現した巨大な時空魔法陣により東京湾上空にその姿を見せる。誰もが予想しなかった事態に敵も味方も大混乱の中、ついに全ての仮面ライダーが集結する！！そして戦いの中現われた村雨良と瓜二つの男‥‥それは――！？

ライダーマンの右腕へメモリーキューブを埋め込むことで、地上へ仮初の降臨を果たした大首領ＪＵＤＯ。村雨の姿を擬態したＪＵＤＯは、その不完全な姿であっても仮面ライダーＺＸを戦闘で圧倒するだけの力を見せつける。その激突を端緒として、大首領と袂を分けたＢＡＤＡＮ、そして大首領の忠実なる僕・デルザー軍団の２大勢力と、ライダーたちの、三つ巴の戦いが地上を舞台に幕を開ける！

大首領ＪＵＤＯを倒すため、ＢＡＤＡＮが人類と仮面ライダーに持ちかけた共闘は、決裂した。しかし、村雨良だけはＢＡＤＡＮへと赴く意思を表明した。　一方、大首領ＪＵＤＯは、ＢＡＤＡＮと仮面ライダーたちに対し、配下のデルザー軍団を派遣した。サザングロスを圧縮・吸収し、変貌する暗闇大使をジェネラル・シャドウが追い、ＢＡＤＡＮに与した村雨良＝仮面ライダーＺＸがドクロ少佐の前に立ち塞がり、戦いの幕は開いた！

人類とライダー達仲間を裏切り、バダンに還ったかに見える村雨良。バダンの王となるためか、それとも――！？　一方、ライダー達は、バダンシンドロームを撃破するために、ヨーロッパにいるカール博士とともに、衛星会議を開く。そこで明らかになった、「アンチ・バダンシンドロームシステム」とは！？

サザングロスと一体化し、暴走を始めた暗闇大使。村雨良は仮面ライダーＺＸへと変身し、暗闇大使に挑むが、その真の狙いは、暗闇大使から「あるもの」を引き出すためだった‥‥！？　結城丈二が村雨に託した「大首領ＪＵＤＯ打倒」のための試みが、ついに始動する‥‥！