謎の男らにさらわれ、秘密基地の手術でサイボーグとなった少年ジョー。彼は009（ゼロゼロナイン）と呼ばれた。基地には001から008までの素晴らしい能力を持つサイボーグ仲間が。彼らは皆、死の商人「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」の画期的な新商品の試作品として生み出されたのだ！　戦争を企む一味から、9人のサイボーグたちは開発者ギルモア博士とともにX島に逃れるが……!? 日本SF漫画史の金字塔、開幕！

米・ソの宇宙開発競争が、日増しに激しさを加えていた時代。敵国を攻撃できるミサイルを満載した「爆弾衛星」の計画などが、リアルに語られていた。そんな中、「世界征服」の野望を抱く男が一人。彼が率いていたのが「黒い幽霊（ブラック・ゴースト）団」である。しかし、邪魔者が現れた。彼を裏切って逃げ出した、ギルモア博士と9人のサイボーグ戦士たちである。彼等を抹殺するために、次々と刺客が放たれる……!!

サイボーグ戦士たちの敵は、ブラック・ゴースト団だけではなかった……!?　ある日、ギルモア博士が旧友・ドルフィン教授との会合に赴くと、何者かに襲われ、教授が浚われてしまう。負傷したギルモアだったが、すぐにジョーたちに連絡し、探索が始まった。誘拐犯は、ドイツナチス党の残党たちが組織した「新ナチス」の男たちらしい。教授の娘・シンシアを囮に敵の本拠地に乗り込むジョーたちだったが、予想外の事態が……!?

戦乱の南ベトナム。ここでは毎日、アメリカが援助する政府軍と、ベトコンと呼ばれる民族解放軍が激しく戦っていた。戦局は、アメリカの意に反しベトコン優勢に。その理由は3つ。戦場が湿地の多いジャングル地帯で、ベトコンは地形を熟知していること。米政府軍内部から武器を持ってベトコン側に寝返る兵士が多数いること。そして、見え隠れする「ブラック・ゴースト団」の影……!?　ジョーたちサイボーグ戦士が陰謀に挑む!!

ギルモア博士の元に入った通信。それはブラック・ゴースト団の科学者・ガイア博士からのものだった。「二週間以内にエーゲ海の火山島・マグマに来い」という一方的な申し出だったが、避けられぬ戦いと諦め、サイボーグ戦士一行はエーゲ海へと向かう。待ち受けるは、ミュートス・サイボーグ戦士たち。アキレスやアポロンなど、ギリシアの神々の名を冠した戦士たちだ。その名に相応しい特殊能力に苦戦するジョーたちだったが……!?

ある日、ジョーは謎の少女・ヘレンを助ける。科学者である彼女の父は、ブラック・ゴースト団の命に従わないため行方不明だという。一方、世界中に恐怖をまき散らす敵を倒すため、ギルモア博士は水陸空地底用乗り物「ドルフィン号」を作り上げていた。ヘレンの案内で目指すは、敵のアジトがある地下帝国……！　そんな折、電波ジャックしたブラック・ゴースト団が、全世界へ向け世界征服を宣告。ニューヨークを破壊した……!?

ヘレンの案内で訪れた地下世界は、想像を超える進化を遂げた強大な生物に支配されていた。そう、「黒い幽霊（ブラック・ゴースト）」さまが地上世界から降りてくるまで……。七つ子は普通であるという地底人たちの哀しい秘密とは？　誰を信じるべきか、ヘレンたち五つ子姉妹の思惑が交差する。そしてついに明らかになる「黒い幽霊」の正体…!?　雑誌掲載時、大反響を巻き起こした「地下帝国ヨミ編」ここに完結…！

ジョーとフランソワーズが、静かな湖畔で出会った奇妙な少年。それは新たな事件の始まりだった！　少年が口走る「巨人」「ばけもの」「死人が動く」という謎の言葉の意味を探ると、怪しい別荘が浮上した。偵察に向かったジョーたちが見たものは、巨人が守る島!?　脳下垂体成長剤、四次元光線による「ジャイアント・マシン」や「死体リモコン装置」……邪悪な研究の数々がそこに。サイボーグ戦士たちよ、悪魔の研究を叩き潰せ！

イスラエル軍とアラブ連合軍による中東戦争は、西欧諸国も巻き込み泥沼化していた。その裏に伸びる魔の手…ブラック・ゴースト団を叩くため、中東に向かったサイボーグ戦士たちの前に、恐怖の砂漠が広がる！　巨大なアリ地獄や巨大サソリの襲撃、そして、モーゼと名乗る謎の男。彼の告げる神の警告とは……!?　「中東編」に続き、滅亡の危機に瀕した未来から現代への移住を試みる未来人たちとの対立を描いた「移民編」も収録！

ドイツ・ライン川。美しい歌声で船乗りたちを惑わして水底へ沈めたという魔女・ローレライ伝説の残る岩。その近くを通りかかったハインリヒ（004）は、不思議な歌声を聴く。歌声に乗って現れた、馬に乗る謎の騎士が、彼の目の前で村人の一人を殺害し……!?　哀しみの過去に縛られた復讐譚「ローレライの歌編」のほか、脅威に満ちた古代科学の海底都市にジョー（009）が遭遇する「海の底編」も収録！