極限まで発達したインターネット世界。かつて、そこは『超構造体』に内蔵されたシステム（BIOS）上で起動する『統治局』（OS）が、正規アクセスする人間の要望を完璧に叶えていた理想世界だった。だが、破局が起こり人々はアクセス権を失い、『セーフガード』（ウイルスチェッカー）が容赦なく『駆除系』で不正規アクセス者を排除する、危険な世界へと変容してしまう。探索者・霧亥（キリイ）は『統治局』への再アクセスを可能にするために何千フロアも超構造体を放浪し、『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求める。

極限まで発達したインターネット世界。世界は高度に発達したネットワーク（ソフトウェア）と、それを支え、現実世界に反映する超構造体（ハードウェア）によって構成されている。テクノロジーの恩恵を受けて繁栄した人類であるが、災厄によりネットワークにアクセスする資格と能力（市民権と同義）を失ってしまう。 『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求める探索者・霧亥（キリイ）は『統治局』への再アクセスを可能にするために何千フロアも超構造体を放浪する――。

極限まで発達したインターネット世界。 『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求め、『統治局』への再アクセスを可能にするために何千フロアも超構造体を放浪するる探索者・霧亥（キリイ）。かつて生電社の主任科学者を務め、ネット端末遺伝子合成実験の失敗の責任を問われて生電社の地下に幽閉されていた女性・シボを救出した霧亥は、彼女と行動を共にする――。

極限まで発達したインターネット世界。 『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求め、『統治局』への再アクセスを可能にするために、何千フロアも超構造体を放浪する探索者・霧亥（キリイ）。生電社の地下に幽閉されていた所を霧亥に救われ、行動をともにしていた女性・シボは、セーフガードとの戦闘中に基底現実から予備電子界へ来てしまう。そして、明かされてゆく霧亥の謎……。

第９空洞に出てしまった霧亥(キリイ)とシボは、メンサーブに会うべく第８空洞へと戻っていく。その途中で出会った珪素(けいそ)生物から、隠された人間を捜すためにメンサーブを追い詰めているという情報を聞いた霧亥たちはメンサーブのもとへ。しかしメンサーブは転送を開始し、それに巻き込まれた霧亥は異次元へ飛ばされ、シボと離ればなれになってしまった……!!

イヴィ＆新型の珪素(けいそ)生物に乗り換えたメイヴＶＳ．霧亥(キリイ)＆セウの死闘が続く中、中央ＡＩによって宇宙艦「東亜重工」は都市の外へと転送され始めてしまい……。　――霧亥とシボたち人間、珪素生物、セーフガード、そして東亜重工の思惑が入り乱れる「東亜重工編」、ついに完結!!

新たな階層へと探索を続ける霧亥(キリイ)とシボ――。二人がたどり着いたのは、暴走した建設者が適当に増設し、長い間ドモチェフスキーとイコという２人の臨時セーフガードと珪素(けいそ)生物たちがにらみ合いを続ける非公式階層だった。

ダフィネル(ダフィネ・ル・リンベガ)に遺伝子情報の入ったカプセルを奪われてしまったシボとドモチェフスキーたちは、カプセルを利用してネットへ仮接続しようとしているダフィネルを止めるために後を追う。そこでシボたちは、離ればなれになっていた霧亥(キリイ)に再会する――。

シボの体にダウンロードされた最高位セーフガードユニット「レベル９」との戦闘で負ったダメージを修復し、再び探索をはじめる霧亥(キリイ)。しばらくすると自分を呼ぶ声が聞こえ、霧亥が向かった先にはある建設者の残骸があった。そして霧亥に、レベル９の行方について語りはじめた……。

観測者から聞いた番人がいるという塔へ向かった霧亥(キリイ)は、その上部で強力なセーフガードに出会う。一方、統治局のセーフガードのサナカンと行動をともにしていたレベル９は、激しい戦闘の末に珪素(けいそ)生物に連れ去られてしまった!!　――探索者・霧亥の、無限に連なる都市空間の果てなき旅の記録集、ここに完結!!