坂本龍馬（さかもとりょうま）の捕縛に失敗したセイと沖田（おきた）。京に戻った沖田は土方（ひじかた）から叱責（しっせき）を受け、セイは一番隊からの異動を命ぜられる。思い余ったセイがとった行動とは？　そして沖田に訪れたある変化とは？　セイの新選組入隊以前の過去が明かされ、沖田との関係に新たなる局面が訪れる（!?）ファン待望の21巻!!

誠の武士として生きながら女子（おなご）の心を捨てきれないセイは、出家を覚悟する。しかし沖田（おきた）が生きてそこにいてくれる幸せに改めて気づき、再び新選組隊士として生き抜く道を選ぶ。沖田もまた己の恋を自覚し、ふたりの関係が微妙に進展しそうな矢先、セイの秘密がついに暴かれる!?　緊迫の22巻!!

時は幕末の京都。後に新選組と呼ばれる壬生浪士組に、神谷清三郎と名乗る者が、入隊を志願してきた。実はこの清三郎は女で…!?　幕末青春グラフィティ!!

薩摩と長州が同盟締結に向けて密かに動き出した。近藤（こんどう）の暗殺を目論む伊東（いとう）という内なる敵を抱えた新選組にとって、それはさらに強大な敵となるはずであった。その頃、伏見に再び坂本龍馬が現れたとの知らせが！　彼を捕縛する為、沖田（おきた）率いる一番隊が出動。局長付のセイは待機を命じられるが!?

武蔵国多摩において、少年時代の近藤（こんどう）と土方（ひじかた）は出会った。やがて江戸に出たふたりはそれぞれの道を歩み始めるが、黒船の来航によって時代は一気に動乱の世へ…。そんな中、本格的に剣術を学び始めた土方の身に、人生をも揺るがす一大事が……!?　話題沸騰のついに完結!!

弱体化した幕府に幻滅し、失意のうちに広島から帰京した近藤（こんどう）。彼の心痛を察した土方（ひじかた）は、深雪（みゆき）太夫を落籍させていた。別宅にて近藤と深雪の仲睦まじい生活が始まるかに見えたが、土方は深雪を見張れとの命をセイに下す。やがて深雪がその本性を現し始めて!?　近藤の恋の結末を描いた待望の26巻!!

混乱を極める幕末、広島では幕府と長州が対峙し、一触即発の危機が迫っていた。新選組では相変わらず伊東（いとう）が土方（ひじかた）への接近を試みていたが、突如、土方が体調を崩してしまう。心配する近藤（こんどう）は、セイを土方の小姓に任命するが!?　セイと土方の距離が微妙に縮まる（？）かもしれないドキドキの27巻!!

生まれる命がある一方で、戦争のまっただ中に駆り出される命もある。長州と幕府軍の戦端が開かれ、新選組も出陣かと思われていたが……！幕末史にまたひとつ大きな転換期が訪れる緊迫の第２８巻登場！！慶応２年（１８６６年）。嵐の前のひととき…。幌嶋で幕軍と長州軍がにらみあいを続ける中、京では原田左之助の第一子が誕生。新選組隊士は喜びに沸くが、命名をめぐって一悶着…。

神谷清三郎こと富永セイは、男と偽って新選組に入隊。激動の時代を、たくましく生きている。徳川慶喜の排斥を画策する伊東甲子太郎は、密かに副長・土方歳三に接近。一方、セイと総司の仲をあやしく思う中村五郎は、総司に宣戦布告して…!?風雲急を告げる幕末青春グラフィティ・第29巻!!

徳川慶喜が正式に１５代将軍に即位してまもなく、孝明天皇が死去。政権争いにより暗殺が疑われる。伊東は新選組をふたつに分け、分理した一派が薩摩の内部に入り、情報を得るという策を土方に提案する。慶応３年正月、伊東は斎藤と永倉を宴席に呼んだ。門限を破ってまで料亭に居続け、切腹を覚悟する３人にはそれぞれの思惑があった。