二〇九七年四月、新年度を迎え司波達也と深雪の兄妹は三年生に進級した。魔法科高校の今年の新入生首席は、十師族・三矢家の直系である三矢詩奈。彼女とその幼馴染みにして二科生、矢車侍郎が一高に新たな波乱を巻き起こす!?　一方、南アメリカではブラジル軍がゲリラ掃討のため戦略級魔法を使用、膨大な死者が出る結果となった。そのニュースは世界中の人々に衝撃を与え、各地で反魔法運動が活発化、さらには各国が抱える戦略級魔法師・十三使徒にまで影響を及ぼすことに……。

二〇九七年四月、国立魔法大学付属第一高校では新年度の入学式が開かれる。新入生首席・三矢詩奈の挨拶も含め、式はつつがなく終了。詩奈は正式に生徒会役員になることを打診され、それを快く受諾した。だが、その生徒会室での会話に魔法を使って聞き耳を立てている者がいた。もちろん、そのことに気づかない司波兄妹ではなく……？

二〇九七年四月。二十八家の若手を集めた会議への招待状――七草智一と十文字克人が魔法界に投じた一石は、魔法界に密かに波紋を広げていく。そんな折、司波達也のもとに四葉本家から連絡が入る。四葉家当主である真夜は、国防軍と新ソビエト連邦軍の睨み合いが続く北海道で、戦略級魔法『トゥマーン・ボンバ』が使用される可能性を示唆するのだった……。新たな情勢下で、司波達也の下す決断は――!?

二〇九七年四月。二十八家の若い世代を集めた会議の日がやってきた。活発化する反魔法主義運動に対抗すべく自由な意見を出し合っていきたい――七草智一と十文字克人の主導で議論はにわかに活気づく。だが、大衆に対する人気取りのために司波深雪を押し出してはという流れに対し、達也は即座に痛烈なＮＯを突き付けるのだった。

二〇九七年四月。二十八家の若い世代を集めた会議は、なんら議論が実を結ぶことなく閉会した。会場を後にした司波達也は、司波深雪と桜井水波を伴って四葉本家へと向かい、四葉真夜に会議での顛末を報告する。一方、師補十八家にして国防陸軍情報部に所属する十山つかさは、達也についてある“テスト”を計画していた……。

二〇九七年四月。平穏な昼下がりの魔法科高校から、三矢詩奈が忽然と姿を消してしまった。混乱に陥る生徒会の面々、警察の伝手で独自に調査を始める千葉エリカたち……一連の事態は司波達也の耳にも入る。すべては国防陸軍情報部、十山つかさの想定通りに動いていた。達也を“テスト”するという彼女の計画は、最終段階へと進みつつあった。