無事学園祭を終え穏やかな日常を楽しむラゼルの前にあらわれたキアラ。その凶刃に倒れたラゼルは、瀕死の体でアルゼイドに救われる。しかしその日の恐怖感を拭えぬラゼルは、再起をかけた修行登山を決行するが!?

キアラにつけられた傷がもとで、心に深いトラウマを負ってしまったラゼル。彼女はセラに向かって衝撃の言葉を発する――「私を殺してください」その行為は、恐怖を乗り越えるというより、恐怖を麻痺させるもの。ボロボロになったラゼルは元の自分を取り戻せるのか――？ 一方、アルゼイドは彼が追い求める真実を知るため、ウェラー大尉とともにプロメテウスに向かう。 物語は今、大きく動き出す――!!

謎の少年「あるぜいど」の力によって飛ばされてしまった不思議な世界で、アルビノの少年二人とセカンドと名乗る人物と出会い、共に生活をすることになったラゼル。 そこで“ラゼルを知らない”キアラに出くわしたラゼルは、自分が過去の世界に送りこまれたことを確信する。同時に、アルゼイドが捜す「父親の仇」との符号に気付いたラゼルは…？

過去の世界で出会ったのは－。現在と過去、ふたつの世界で謎が絡み合い、そして解けていく－。

「あるぜいど」の力により、過去に飛ばされてしまったラゼル。過去の世界にも幼い「ラゼンシア・ローズ」がいるのではないかと考えた彼女は、故郷・ヴェルニーニへ向かうべく、セカンドに暇を願い出る。記憶と変わらない故郷で彼女を出迎えたのは――…？　過去の真実が紐解かれていく、待望の最新巻が発売!!

セカンドの家を訪れたアルゼイドたち。その前に、『アイギス』と名乗るセキュリティ・システムが立ちはだかる。だが、なぜかアルゼイドだけは扉の先へ進むことを許されて…？呼び起こされる過去の記憶――待望の16巻！

ラゼルが過去の世界に来て、二度目の秋が近づいていた。セカンドたちが抱える秘密を共有したいと思いつつ、ラゼルはまだ、何も聞き出せていない。そんな日々の中で、思いがけない人物がセカンドを訪ねてきて――。一方、現代ではアルゼイドたちが、『過去』と思われる一時を目撃する。『過去』と『未来』が繋がり始める第17巻！

謎に包まれたセカンドの出生。彼が死んだ生き物を生き返らせたり、手を触れずに物を動かしたりする不可思議な力を持っていたのも、それに関わるものだった。――卵子のみで人間の子供を作る、単為生殖。その実験で初めて生まれた「男性」の成功例がセカンドだったのだ。そして、処女懐妊という『神』を生み出す実験に選ばれてしまったのは…？ セカンドとナツメたちの関係が明かされる第18巻！

ナツメが考案したプロメテウス計画に参加するため、惑星Arkに赴くことになったセカンド。しかし、計画はあえなく失敗に終わり、彼は更なる悲劇に巻き込まれ――？ 複雑に絡み合っていた多くの謎は、過去へと飛ばされていたラゼルをも巻き込み、すべてが明らかになっていく。セカンド編がついにクライマックスを迎える、緊迫の第19巻!!

現在へと帰還したラゼル。季節は、春から初夏へと移り変わろうとしていた。死んだ筈だったナツメと対峙してから、様子のおかしいバロックヒートは、ラゼルと共に訪れた海で突然姿を消してしまう。行方を案ずるラゼルだが、ある日街でセラの知り合いだという女性に声をかけられる。ラゼルの身体に癒着したピアスについて話す、その女性の正体はナツメで――!?　ついに幕を開けた最終章、怒涛の展開から目が離せない第20巻!!