妹を銃弾から守ったことで意識戻らぬ身となってしまった最強の殺し屋・平良凪（タイラナギ）。彼は”殺意”を向けられると、わずかな時間だけ意識が戻る特殊体質の持ち主だった。完全覚醒を果たすため、今日も凪（ナギ）は改造車椅子で強敵達との”リハビリ”を始める――！

”学園”からの刺客・黒坂（クロサカ）兄妹からの襲撃を退けた平良（タイラ）兄妹。追手から逃れるため、鬼城島（グイチェンとう）の隠れ家を転々とする凪（ナギ）たちだったが、”学園”の支配者・先生（センセイ）は、凪（ナギ）奪還のため、最凶の新人・渦（ウズ）を島へ派遣し―――！？新たな強敵とのリハビリ開幕！？ バイオレンス・アクション第2弾、始動―――ッ！

“黒い月”の浮かぶ精神世界で、先生(センセイ)と再会を果たした凪(ナギ)。先生(センセイ)から、己と同じ”完璧”な存在になることを求められるも、彼はそれを固辞。”不完全”でも人として生きることを決め、静(シズカ)たちと共に、最終決戦に向け動き始める―――。

鬼城島（グイチェンとう）で繰り広げられた、先生（センセイ）と凪（ナギ）たちとの死闘。物語は一旦、その戦いから遡ること3年の過去の”学園（ガクエン）”へと舞台を移す――。凪（ナギ）が首席として君臨していた其処で何が起き、彼らは現在の姿へと至ったのか。これまで語られてこなかった真相が明かされる―――！

鬼城島（グイチェンとう）を離れた静（シズカ）に数年ぶりに接触をしてきた幽李（ユウリ）。「戦車椅子（タンクチェア）を復活させる―――。」言葉少なく決意を述べた彼女と共に、静（シズカ）は再び鬼城島（グイチェンとう）に足を踏み入れ、凪（ナギ）を救うべく、動き始める―――。

先生（センセイ）の魂と分離し、長い眠りから意識を取り戻した凪（ナギ）。妹の静（シズカ）は、肉体が衰弱した凪（ナギ）のために、かつてのように戦闘（リハビリ）を手配していた。そんな中、静（シズカ）は寳船（たからぶね）で幽李（ユウリ）と相対した子供―――螺（ニナ）のことが気になっていた。“凪（ナギ）と似た”螺（ニナ）の正体を見極めるべくDr.（ドクター）ラジオに探りを入れた彼女は、驚くべき事実を知らされる―――。

螺（ニナ）の身体と頭痛蛸（ずつうだこ）を奪い、更なる変貌を遂げた渦（ウズ）。彼は、かつて先生（センセイ）から受け取った唯一の指令――「凪（ナギ）の抹殺」を果たすべく、新たに手にした圧倒的な力で、じわじわと凪（ナギ）を追い詰めていく。その指令には、もはや何の意味もないことを知りながら、誰の「とくべつ」にもなれなかった彼の悲しき戦いは、終焉に近づいていく―――。

失踪した先生（センセイ）の居場所を突き止め、学園（ガクエン）の地下に存在する『箱庭（ハコニワ）』を訪れたA組。彼らは、そこで先生（センセイ）と再会を果たすも、そこに居たのは、彼らの知る恩師ではなかった。自身の秘密の場所に踏み入った存在に対して敵意を表した先生（センセイ）は突如、A組それぞれに対して容赦のない攻撃を向け始める―――。