時は安政四年。後に「新選組 鬼の副長」と呼ばれる土方歳三は、喧嘩に明け暮れる日々を過ごしていた。農民の生まれである歳三は武士への強い憧れがあった。しかし、身分という壁に抗えず、ただ憧れだけが募る鬱屈とした日々を過ごしていた。そんなある日、佐絵という女性との出会いがきっかけで、命懸けの戦いに臨み初めて人を斬る。この一戦を皮切りに、歳三の人生は激動の渦に呑まれていくことになる。

疫病の流行で死の町と化した江戸。その影響で門下生がいなくなり、試衛館は窮地に陥っていた。そんな中、山南敬助から将軍警護の組織「浪士組」の募集の話が寄せられる。武士になりたいという強い想いを持つ土方歳三は、降って湧いた千載一遇の機会に戸惑いを隠せないでいた。迷いの中の歳三を凶刃が襲い――。

将軍警護の為に組織された「浪士組」。しかし、発起人の清河八郎は京都に着くや否や尊王攘夷の為に動くことを宣言する。将軍への背信に憤慨した芹沢鴨は、土方たち試衛館一門と共に浪士組から袂を分かつことになる。最強の剣客集団を目指す土方歳三の、組織の実権を掌握する為の戦いが始まる。

壬生浪士組 筆頭局長・芹沢鴨を斬る。土方歳三の中にその覚悟は固まっていた。しかし、御所での長州藩士との戦闘で土方の瞳に写ったのは、狂気的なまでに主君への忠義に燃え、敵を斬り捨てる芹沢の姿であった。芹沢に誠の武士の魂を感じるが、それはあまりに遅すぎて……。芹沢一派への粛清がついに始まってしまう!!

壬生浪士組改め、「新選組」。芹沢鴨粛清を遂行し、近藤勇を頭に新たに動き始めた土方歳三たち。ある日、土方は初恋の相手、佐絵と再会を果たす。しかし、その出会いには多摩からの因縁を募らせる七里研之助の策略が仕組まれており……。新選組鬼の副長と呼ばれ、幕末の戦場を鮮烈に生きた男の青春譚、第一部・完！