かつて栄華を誇った日本の忍者たちは、戦後GHQによって組織を解体させられ消滅した。しかし、実は今でも忍者は秘密裏に存在しており、その数は20万人とも言われている。そして一部の精鋭忍者は国家レベルの争いごとの裏で暗躍していた。一方で、末端の忍者は仕事にありつけないことも多く、その一人・雲隠九郎もニート同然の暮らしをしていた。しかし、そんな九郎のもとについに重大な「忍務」が‥‥！

練魔のアパートで暮らす末端忍者・雲隠九郎にくだった忍務は「講談高校への潜入」。まずは生徒になるための転入試験を週末に控えていた九郎だったが、緊急で「男性器の切断事件を起こした外国人テロリストの討伐」が命じられる。しかしニート状態が長く、アパートの敷地から出来れば出たくなかった九郎はすぐには動けず‥‥、九郎より先にただのおじさんっぽい佐々魔元一等忍尉が偶然にも接触。テロリストは忍者に出会えたことに感動した後、戦ってみたい欲が沸いてきて、二人の戦闘が始まる。

神社に隠れていた外国人テロリストは、偶然出会った少女の協力を得て、彼女の住むコーポに潜伏する。だが逃走先はバレバレで、しかも外国人テロリスト討伐の忍務は、複数の忍者たちに下っていた。現場は功を争う忍者同士の譲らないカオス状態に。さらに遅れていた九郎も到着して、混戦の行方は予断を許さない事態に陥る。テロリスト討伐の手柄は誰の手に！？　忍者だらけの大バトルの、はじまりはじまり～！

外国人テロリスト討伐の忍務を果たしたことで、講談高校への転入試験を受けることができた九郎。すでに校内に潜入済みの下忍たちの協力と、留年のかかった同級生・野口を巻き込んだかいあって、ようやく彼の潜入忍務がスタート！　しかし、転入早々に、次々と姿を現す「敵」の忍者たち。彼らの目的は？　そしてその背後にいる者は？　九郎のハイスクールライフは波乱必至！！

講談高校潜入早々、敵のギャル軍団を圧倒した九郎は、そのまま敵のボスとみられる主事さんとタイマンに。そこで超兵器「遁」の凄まじい威力が明らかになる。一方、独自に今回の忍務の裏を探る中忍・加藤は九郎が住むアパートや住人の不自然さに気づき、ますます組織への疑念を深める。様々な思惑が交錯する中、当の九郎は頼まれて不良の憧れである他校との喧嘩計画に加担する始末。そんな中、練魔区内では姿の見えない男に忍者が狙われる新たな凶悪事件が発生する！

裏切り者には、死を。忍者の巨大組織「NIN」に不協和音が走るーー！！『アイアムアヒーロー』花沢健吾が描く現代忍者奇譚！練魔区で勃発した忍者襲撃事件。その犯人に狙われたくノ一の鈴木と小学生の純粋愛だが、犯人が過去に鈴木と個人的な因縁があることに気づき、この場ではあえて生かされる。その後、完全透明化した摩利支天を犯人がまとっていたことから海外派忍されていた鬼首と中忍の加藤がNINから疑われる事態に。一方、雲隠九郎はヤンキー高校への殴り込みの日に起こるであろう強敵との闘いを察知し、静かに準備を進めていた。

『アイアムアヒーロー』花沢健吾が描く現代忍者奇譚第７巻！アンダーニンジャ側についた猿田による講談高校での虐殺が始まった。NIN側は鈴木と鬼首が校内で迎え撃ち、さらに中忍・加藤も段ボールロボ「キューブ」と共に加勢する。しかし完全透明化を実現している高度な「摩利支天」を身にまとった猿田に苦戦。惨劇は拡大していく。一方、九郎と日比は楊紀伊学園の屋上で敵の本丸である山田と決着をつけようとしていた。

楊紀伊学園の屋上では九郎と日比が山田と激突。しかし日比はあっさり敗れ、九郎が前に出る。互いに刀を持ち出し、一瞬で勝負が決まる一騎打ちが始まろうとしていた。一方、講談高校では、屋上に逃げる猿田を鬼首たちが追い詰めるが、その上空で控えていた攻撃衛星「遁」に予期せぬUN側の侵入者が現れる。また講談高校からの脱出を図る野口たちは地下の巨大空間にたどり着き、鈴木と順風耳からNINとUNの過去の因縁を聞かされるのだった。

攻撃衛星「遁」を失い個人情報リストもUN側に奪われたNINは、一気に劣勢になる。UNの新型ドローン手裏剣に狙われている上の世代は身動きが取れなくなり、十郎たち若い世代が最前線の忍務に駆り出されていく。一方、講談高校での忍務失敗の責任を負わされた加藤は、忍法会議で死刑を言い渡され、処刑番組『おっさんといっしょ』に出演することになってしまう。

佐々魔から受け取ったUN製男根型破壊兵器によって処刑場から脱出することに成功した加藤は、その場に居合わせて共闘した五十嵐と共に姿を消す。一方、十郎たちには五十嵐を始末する忍務が命じられる。過去に汁忍者として酷い扱いを受けNINに強い恨みを持つ五十嵐は、逃走せず練魔区に潜伏しており、NINへ復讐する機会を狙っていた。