羽黒刑務所で、エド・ゲインと化した吾妻との死闘を生き抜いた霧子たち。だが、仲間を救うために必要な所長はすでにエド・ゲインに殺されていた。絶望的な状況を覆すため、仁奈は署長のディープフェイク映像を作成。間久部香澄を信じさせるため、美依那は渾身の演技で所長を演じる。

突如現れた桐生正臣が無類の強さでメデューサたちを蹂躙する。それに対し間久部香澄は奥の手である『群同期発火』を起動。完璧に連携出来るようになったカチュアと新メデューサの活躍で桐生を退ける。だが千歌と小夜子は桐生の必殺の一撃を喰らい瀕死の重傷を負ってしまった。千歌たちが傷を癒やす間にも、桐生は恐るべき計画を着々と進行する。そんな時、千歌たちを意外な人物が訪ねてくる。

桐生正臣の野望を阻むことを、ヒゲ爺こと桐生達之から依頼されたメデューサたち。それぞれの理由により戦う決意を固めた彼女たちは桐生正臣の本拠地・都市船アーケロンへ潜入を試みる！　だがアーケロンにはメデューサを超える異能の者たちが待ちかまえていた！！

桐生の野望を挫くためには、桐生と瑠璃子を守る超人集団『ヘブンノウズ』を倒さなければならない。千歌たちは手始めに『不死身』の異名を持つイリヤに狙いを定める。神崎はイリヤが王者として君臨する闘技場に選手として出場するが‥‥。

世界の支配を企む桐生正臣を倒すため、巨大な都市船アーケロンに潜伏する千歌たち。桐生主催のパーティという千載一遇の機会が迫るが、パーティに参加するには乗客の協力が不可欠。ロリ巨乳好きの乗客ザイードに目をつけた千歌たちは美依那を刺客として送り込む！

桐生正臣へ戦いを挑む「祭り」の日が迫る。千歌たちは準備を進めるが、しかし正臣の親衛隊『ヘヴンズクロウ』の面々もメデューサたちの動きを察知し待ち受ける。その頃、瑠璃子は正臣の力を削ぐために危険な仕事を行おうとしていた！

瑠璃子の捨て身の作戦により桐生正臣は弱体化。そして最終決戦が始まる『祭りの日』を迎える。決戦の火蓋は桐生を狙う瀬里の一撃。直後、メデューサたちは一斉に発火した。桐生直下のヘブンノウズとメデューサが正面から激突する総力戦の行方は！？