千歌と小夜子は、若本と斯波の協力を得て、教団の本部侵入を目指す！　いっぽう霧子、洋子、ミイナの３人は真希の救出を目指すが、最強の毒殺魔『グレアム・ヤング』の魂を宿す新藤玲衣が立ちはだかる！

真聖教団の最深部、『奥の院』で真希への『血の儀式』が続く！　教祖のモノに貫かれ自我を次々に塗り潰される真希。儀式が終わった時、真希の身に起こる驚愕の変化とは……！？

運命を『読む』シグマを倒すために、千歌は秘策で自らの運命を『変える』！　燃え盛る炎に囲まれて、ついに千歌としぐまが最後の戦いを始める！　『真聖教団編』完全決着！！

真聖教団との戦いが終結し、生き延びた千歌たち。つかの間の平和な日々が訪れるが、千歌たちの心にはある思いが芽生えていた。それは自分たちのようなメデューサをこれ以上生み出さないため、『真の敵』に戦いを挑む決意だった！

五菱とともにメデューサを生み出し続ける医師たちを止めるため、東京に戻った千歌たち。ターゲットに定めた医師、東犀しげおの周辺を探るうちに千歌たちは大衆演劇の劇団と出逢う。その劇団のスターである冬雪は暗い秘密を抱えていた‥！

冬雪を花形とする夏樹劇団は、３つの死体を隠し持っていた！　果たして劇団の誰がメデューサなのか？　劇団を探るうちに美依那は自分の暗い過去を思い出す。大切なものを奪われるばかりだった少女は、どうして命を奪う殺人ピエロになったのか‥‥？

冬雪を花形とする夏樹劇団は、３つの死体を隠し持っていた！　果たして劇団の誰がメデューサなのか？　劇団を探るうちに美依那は自分の暗い過去を思い出す。大切なものを奪われるばかりだった少女は、どうして命を奪う殺人ピエロになったのか‥‥？

東犀病院とのケリをつけた千歌たちは、さらなる標的を求め北へ旅立つ。一方、西で医師狩りを続けるカレンたちに五菱の手が迫る！　独りで敵に囲まれたカレンの運命は‥‥？

ついに五菱との全面対決が始まる！　千歌、小夜子、カレン、洋子、楊は廃墟となった団地にて新メデューサを迎え撃つ！　だが、千歌たちの前に現れたのは記憶を失ったカチュア！　戦友が最強の敵として襲来する！

千歌たちと新メデューサとの死闘が続く！　いっぽう、羽黒刑務所に突入した霧子たちの前には羽黒警備隊が立ちはだかった。間久部香澄を拘束してカチュアも新メデューサも救う計画は破綻寸前。追いつめられたメデューサたちを救うのはカレンの超絶性技！？