菌が見える特殊能力を持つ、もやし（種麹）屋の次男坊、沢木惣右衛門直保。彼は東京の某農大に入学する。農大を舞台に、沢木と研究室その他の仲間達、そして菌が活躍したりしなかったりのキャンパスライフ。大学生活のモラトリアム感と、菌が満載の「もやしもん」。あなたもぜひ、かもされてみてください。カバーや本体表紙もきっちり収録！

世界中の発酵物を探索後、帰国したばかりのミス農大・武藤が異臭を放ちながら登場！　そして農大名物「春祭」開催！　期間中、農大は独立国と化し、門が閉鎖され校内から出ることもできず、さらには終了の条件もわからず……。謎にまみれたお祭りで、沢木達が暗躍する！　カバーや本体表紙もきっちり収録！

樹ゼミの発酵蔵稼働で、沢木達を巻き込んでのワイン造り開始。さらに世界一臭いといわれる缶詰めを実食したり、長谷川のプライベートが明らかになったり、古酒を求めて沖縄へ行ったりと大忙しの第3巻！　謎のゴスロリ娘もちらっと登場。紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！　カバーや本体表紙もきっちり収録！

ミス農大・武藤をめぐってUFO研究会と樹ゼミが徹底対立！　そして徐々に明らかになっていくゴスロリ娘の正体。そうこうしているうちに、ある日沢木の菌が見える特殊能力に異変が……。紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！　カバーや本体表紙もきっちり収録！

蛍は日吉酒店を自分なりに改造すべく邁進中。そして長谷川は婚約者とともにいやいやフランスへ。主婦が無料配布の野菜を求めて押し寄せる収穫祭で、沢木達も一儲けすべく策を打つ。長谷川が一向に帰ってこない中、沢木達はどうする!?　紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！　カバーや本体表紙もきっちり収録！

ワインの本場、フランスはブルゴーニュの醸造家の跡取り、マリーに出会う沢木達。長谷川と婚約者の関係がややこしいことになる中、マリーの家にもそれなりの事情があり…。6巻は全編「ブルゴーニュ」!!　紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！　カバーや本体表紙もきっちり収録！

発酵蔵でしょうゆとみそを仕込む樹ゼミ一同。そして沖縄から金城とおじいがはるばるやってくる。「自分だけに知らされてないことがある気がする」と疑心暗鬼になる及川は、自分なりに校内の調査を進めるが……。　紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！　カバーや本体表紙もきっちり収録！

地ビールを売り込みに日吉酒店を訪れた加納に、なぜか武藤がムキになる。ビールを知るべく邁進する武藤は、ミス農大として持てるものをすべて利用し、あれよあれよという間に農大全体を巻き込みながら、ビールの祭典「オクトーバーフェスト」の開催を目指すことに。紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！　カバーや本体表紙もきっちり収録！

食料自給率、化粧品、キノコ、食品添加物……などなど、「菌」と「食」にまつわるあれこれを語りつつ、鍋などをつつきつつ、その間にもしょうゆやみその発酵は進みつつ。そうこうしているうちに、マリーから謎のSOSが！　紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！　カバーや本体表紙もきっちり収録！

マリーを追って海を渡った某農大樹ゼミの一行。電車や飛行機を乗り継ぎ、大陸横断しながら、異国の文化に触れていく直保達。そして、ついに直保は、沢木もやしの跡継ぎの立場を捨て、海外に移住してしまった兄、直継に出会う。長年抱えてきた思いをぶつける直保に、兄直継は……。