自らの命を囮にし、ヤンと直接対決に臨むラインハルト。帝国軍VS.同盟軍の雌雄を決する激闘が始まった！　互いに策を練り、決戦に挑む二人だったが、小さな綻びを先に発見し、その隙をついて来たのは……。そして両雄による最大級の死闘に決着の時が訪れる――。

勝利目前にして全面降伏を受け入れた同盟軍ヤン。譲られた勝利を手にした帝国軍ラインハルト。停戦を機に実現した歴史的会談で、二人の英雄は何を語るのか……!?　長きにわたる戦いの歴史が終結したのも束の間、第三勢力の動きが活発化し始め……。

退役し一般市民となったユリアン・ミンツは地球教の正体を探るため、地球へ降り立つ。調査中、地球教の闇を垣間見たユリアンはこの場に留まるのは危険と判断し、脱出を試みる。その矢先、帝国軍による地球教征討の軍が侵攻してきて……!?　その頃、同盟首都星ハイネセンでは、ヤンが窮地に立たされる!?

帝国に命を狙われ危険を感じたヤンは、同盟との決別を決め首都星を脱出。だが、人質として捕縛した帝国軍将軍が命を絶ち皇帝ラインハルトとの衝突は避けられない状況に……。この危機に魔術師ヤンがとった行動とは!?　一方、この報せを聞いたラインハルトの胸中や如何に!?

ヤンはイゼルローン要塞再奪取の作戦をユリアンに託し、陥落寸前まで追い込むが…!?　一方、ラインハルトは、宇宙完全統一のため再度の親征軍を起こす。迎え撃つは同盟軍老将ビュコック元帥。圧倒的な戦力差の中、老将はどう立ち回るのか!?　自由惑星同盟、最後の戦いが始まる――。

イゼルローン陥落の凶報が届いたラインハルトは、その怒りを隠せずにいた。一方、ビュコック提督とレベロ議長の訃報を聞いたヤンもまた、自責の念を抑えられず……。そしてヤンを頼り、旧自由惑星同盟の残存勢力が集結し、新たな戦乱の兆しが見え始めていた――。そんな中、ハイネセンではラインハルトの勅令が交付され、銀河帝国による統治が始まったのだが……!?

回廊の戦いの火蓋が切って落とされた！　帝国軍に対し数で劣るヤン陣営は狭い回廊を味方に、ヤンの的確な指示で帝国軍の先鋒ビッテンフェルト艦隊を迎撃する。窮地に駆けつけた帝国軍の増援に対してもヤンの策謀は更にそれを上回り、状況を聞いたラインハルトの苛立ちは増していく……。

圧倒的な戦力差の中で始まった回廊の戦い。しかしその差をものともせず、巧みな戦術で帝国軍を追い詰めるヤン陣営は、遂にラインハルト本陣へ迫る!!　そこへ割って入った帝国軍ミッターマイヤー元帥だがヤン分艦隊に撃破され、戦死の報が届く……!?　倒れゆく味方将兵を目の当たりにしたラインハルトは友キルヒアイスを幻視するように……。激戦続く回廊の戦いの行く末は!?

ヤン襲撃の報せを受けたユリアンらは救援に向かうも、時すでに遅く……。巨大な英雄の死に全宇宙は動揺し、好敵手が去った失意の中、皇帝ラインハルトは病臥を続け、戦争は終わろうとしていた。そしてその間隙を突き、陰謀がふたたび台頭してゆく――…。

皇帝暗殺未遂事件を契機に皇帝ラインハルトは過去の出来事を思い苦悩し、ヒルデガルドを呼び止め一夜を過ごす…。二人の関係に変化が生じる一方で、新たな波乱を起こそうとする者たちが暗躍して……!?