西暦2030年。狂四郎は英国製殺戮生物・Sとたびたび闘っていた。Sは多くのオアシス農場を壊滅させていた。Sの破壊を命じられていた八角大尉を助けた縁で、Sと闘う狂四郎。勝ってもとどめを刺さずに解放すると、次に闘った時のSはバージョンアップしていた。

西暦2030年。殺戮生物兵器・Sは英国製ではなかった。闘うたびに進化を遂げるSは、日本を支配するゲノム党がオアシス農場壊滅のため作っていたのだ。壊滅した農場には農耕用ヒューマンが送られた。Sとの死闘は3度目、狂四郎は肉を切らせて骨を断つ作戦に…。

西暦2030年。電子管理センターに行政監察官・二条ひかるが赴任する。汚職役人の死刑執行人・ひかるは、日本を支配するゲノム党総統・二条憲政の息子だった。さらにもう一つの顔が。ひかるが作ったリアルゲームのような島「アルカディア」の首相・ユウキだった。

西暦2030年。狂四郎は理想郷のような島、アルカディアにいた。島の首相・ユウキにはもう一つの顔が。日本を支配するゲノム党総統・二条憲政の息子、ひかるだ。アルカディアに志乃（ユリカ）と住みたいと願う狂四郎は、猛獣・フェンリルの大群を退治するが…。

西暦2030年。狂四郎は二条ひかるの軍勢相手に一人で闘っていた。人質に取られた志乃（ユリカ）の無事を確認するとパワーは全開。そこへ島民もかけつける。アルカディアの首相・ユウキがゲノム党総統の息子・二条ひかるだと知って、クーデターを起こしたのだ。

西暦2030年。狂四郎は志乃（ユリカ）が働く中央政府電子管理センターのすぐそばまで来ていた。あたりには地雷が埋められていた。教えてくれたのは、僧の無明。彼はセンターに幽閉されている双子の兄・光明を救出しようとしていた。二人は協力して潜入を試みる。

西暦2030年。狂四郎は志乃（ユリカ）が働く電子管理センターの地下牢にいた。潜入を手伝った反ゲノム組織「まほろば」は、狂四郎とユリカを第三国の工作員だと疑っていた。狂四郎は牢獄で襲ってきた囚人を皆殺しに。それは格闘技カジノに出場する予選だった。

西暦2030年。狂四郎は格闘技カジノで連勝していた。勝てば試合後の10分間、エレベーターで志乃（ユリカ）と密会が許される。生身の二人が初めて会った日、互いに“愛”を確信する。だがそれは、ユリカを洗脳して操ろうとする「まほろば」の心理作戦だった。

西暦2030年。反ゲノム組織「まほろば」に裏切り者が。志乃（ユリカ）に恋慕する西城だ。「まほろば」による無明の兄・光明を救出する作戦は、ゲノム軍の中枢にまで知れ渡る。ところが、総統・二条憲政はすでに失脚しており、光明と手を組み復権を企てていた。

西暦2030年。失脚していた二条憲政が企てた「まほろば」のクーデターは失敗に終わる。大混乱の中、脱出した狂四郎は必死になって志乃（ユリカ）を探す。志乃も狂四郎に見つけてほしくて飛行場へ。やがて、狂四郎と志乃とバベンスキーを乗せて、機は飛び立った…。