過熱する、調査兵団とライナー、ベルトルト、「獣の巨人」の戦い。作戦は通用せず、調査兵団は苦境に立たされる。そんな中、エルヴィンとアルミンは自らの命を懸け、リヴァイとエレンに敵を討たせることを決意。犠牲と引き換えに、残った者達が手にするものは……!?

ライナー、ベルトルト、「獣の巨人」との戦いの末、多大な犠牲を払いながらもエレンの生家へ辿り着いた調査兵団。その地下室にて、彼らはグリシャが残した3冊の本を手にする。その本に記されていたのは、グリシャの幼き日の記憶。そして、およそ1800年前、一人の少女が巨人の力を手にしたことから始まる二つの民族の暗黒の歴史。明かされたグリシャの過去と突きつけられた世界の真実を前に、エレンら調査兵団の進む道は…。

「獣の巨人」達との戦いの末、地下室に辿り着いたエレン達。そこで彼らは、グリシャの遺した本と記憶により、グリシャの生い立ちや壁内にやってきた真の目的を知る。そこから明らかになったのは、エレン達が相手にしているのは、これまで戦ってきた巨人よりもさらに巨大な「世界」そのものだという事実。壁の向こうに自由が無いこと、海の向こうには敵が待ち受けていることを知ったエレン達の行く末は……。

エレンらの住むパラディ島の外には、他の人間が住む世界が広がっていた。その中の一国「マーレ」は諸外国との戦争中。苦戦を強いられる中、彼らはパラディ島に攻め入り「始祖の巨人」を手に入れる決意を新たにする。ここにもまた、必死に生きる子供たちの姿があった・・・・・・。

エレンらの住むパラディ島を長年にわたって脅かし続けたマーレ。そこには祖国を守るため、自分達の人権を守るために日々奮闘する者達がいた。彼らは自らの存在価値を示すため、パラディ島への「宣戦布告」を準備するがそこに現れたのは・・・・・・。

全世界に対してパラディ島の脅威を説くマーレ。そこに現れたのは「平和への反逆者」エレン・イェーガーだった。エレンはマーレの人々をなぎ倒し、軍への大打撃を目論む。エレンと「戦鎚の巨人」の戦いは過熱、そして集結した両国の最大戦力がぶつかり合い・・・・・・。

マーレに潜入し、大打撃をもたらしたエレン。その目的はジークをエルディアへ連れ帰ることだった。王家の血を引くジークを迎え入れたことで、全世界に対抗する力「地鳴らし」の発動条件を手に入れたエレン達。だがそれは同時に、全面戦争へのカウントダウン開始の合図でもあった・・・・・・。

王家の血を引くジークを迎え入れ「地鳴らし」の発動条件を手に入れたエレン達。だが兵団は、エレンがジークに操られていた場合の危機を考慮し、二人を引き合わせることに躊躇。そしてマーレからの義勇兵を拘束してしまう。その事態に一部の兵士や民衆が不満を溜める中、ついにエレンが単独行動を起こす。

巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。「地鳴らし」を発動させるべく、ついに兵団に刃を向けた「イェーガー派」。彼らはザックレー総統を殺害し、兵団の要人を拘束。ジークのもとへ向かう。一方ジークを見張るリヴァイは、死闘の末に再びジークを捕らえる。そこで明かされるジークの真の計画とは……。

巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。ジークがエレンに託した計画、それはエルディア人すべてを安楽死させるものだった。計画の鍵を握るのは始祖の巨人の力を持つエレンと、王家の血を引く巨人であるジークの接触。リヴァイら調査兵団による包囲網を突破し、ジークは自由の身となるが、そこにマーレ軍が現れる。エレンとジークの接触は果たされるのか……。