ウォール・ローゼ付近に突如現れた巨人の群れ。ユミルの活躍、エレンらの救援により104期の面々は巨人の撃退に成功する。だが休息も束の間、超大型巨人と鎧の巨人の正体が発覚し……!! 怒りに震えるエレンは巨人と化し、因縁の巨人達に牙をむく！

超大型巨人と鎧の巨人の正体が発覚。エレンとユミルは、彼らに連れ去られてしまう。二人を奪還すべく調査兵団が動き始めるが、エレンとユミルの間に亀裂が走る。巨人の謎を知るユミルが取った行動は…!?

エレン、ユミルを「故郷」に連れ帰ろうとするライナーとベルトルト。調査兵団は決死の突撃によりエレンを奪還する。だがその代償は大きく、さらにユミルがライナーの元に残る決断をし……。

王の命を受けた中央憲兵により、ニック司祭が殺される。その目的は調査兵団の現状把握とエレン、クリスタの居場所特定だった。身柄を狙われることになったエレンとクリスタ。暴走する王に対し、調査兵団はついに王政打倒を決意する……!!

中央憲兵への取り調べにより、レイス家が本物の王家であることが判明。調査兵団は王政を打倒しクリスタ（ヒストリア・レイス）を女王に即位させようと動くが、中央憲兵の「対人制圧部隊」によりクリスタとエレンを奪われてしまう！

中央憲兵により汚名を着せられた調査兵団だったが、全兵団の協力を得て王政打倒に成功する。残すは真の王家としてヒストリアを女王に即位させるのみ。リヴァイらは、さらわれたヒストリアとエレンの居場所をつかむが……。

真の王・レイス家が代々継承する巨人の力は、グリシャによりエレンに渡った。ヒストリアは父であるロッド・レイスにエレン殺害を命じられるが、最後は自分の道を選ぶ。そして怒りのままに最大の巨人と化したロッド・レイスが、エレンらに襲い掛かり……！　オルブド区外壁にて人類の命運を懸けた一戦が勃発!!　※こちらの商品は『進撃の巨人【特典つき】』17巻と、特典以外はまったく同じ内容となりますので、ご注意ください。

王政を打倒し、旧体制派を一掃した調査兵団。新たに手に入れた光る鉱石とエレンの硬質化能力によりウォール・マリア奪還作戦への準備を着々と進める。一方、ライナーとベルトルトは獣の巨人と共に迎撃態勢を整え……!!　そして決戦前夜、シャーディスが語るエレンの父・グリシャとの出逢い、そして「845年のあの日」の真実とは!?

巨人に対する真の勝利を獲得すべく、調査兵団はウォール・マリア奪還最終作戦を決行する。作戦の内容はウォール・マリアのシガンシナ区に空いた穴を、エレンの硬質化能力によって塞ぐというもの。そして、ウォール・マリア内にあるエレンの生家の地下室に眠る「真実」を目指す。だが、そこには「獣の巨人」たちが待ち構えていた！　巨人と調査兵団。最終決戦が、いま始まる。

エレンの生家の地下室に眠る「真実」を手に入れるため、ウォール・マリア奪還最終作戦を決行した調査兵団。しかし、その行く手にはライナー、ベルトルト、そして「獣の巨人」らが待ち構えていた。絶望的な戦況。情報、戦力、作戦。何もかもが、足りない。多くの犠牲を出す最中、作戦を指揮するエルヴィンが下した決断とは――？　かつての仲間達との戦いに勝利し、エレン達は「真実」を手にすることができるのか！