セイン・カミによる最後のレッスン「影踏み」で、高畑瞬（たかはた・しゅん）の影を踏んだ明石（あかし）は、最終決戦の舞台へ！　新デスゲームは、空中634ｍの「ケンケンパ」！　落ちたら即死の状況の中で、「空中ケンパ」驚異の全貌（ルール）が明らかになる!!

『神さまの言うとおり』第壱部と第弐部が、ついに交わる時、来たれり!!　天空のデスゲーム「空中ケンパ」は佳境！　明石（あかし）は最後の1名を除いて必ず生き残れる「バイバイ6」作戦を実行！　しかし、友の危機に作戦を放棄してしまう。そして、天才・佑（たすく）の次なる作戦が明石を追い詰める！

東京上空を舞台にした「空中ケンパ」をクリアした明石（あかし）。最後のゲーム、「地獄変」がスタートするが、明石は仲間を失ったことを悔やみ、自分を見失っていた。そこに現れたのは親友の青山（あおやま）！　しかし、青山は正気を取り戻してはいなかった……。「出席者」の「神の子」と「欠席者」の「カミーズJr．」、ついに交わり、神殺しの物語が動き出す!!

青山（あおやま）を救った明石（あかし）は、ついに天邪鬼迷宮を脱出！　しかしそこに待っていたのは、最終関門、「狸鍵危機一髪」！　鍵を使い切るか、大当たりを引くか。明石と青山、2人だけの絶望の「追加遊戯（サドンデス）」が始まる!!

1200人対1200人対1200人の命懸けのドロケイ、それが「地獄変」第2ステージ、「三国ドロケイ」!!　強襲してきた太陽の国によって捕らわれてしまった明石（あかし）。太陽の国は「三国ドロケイ」を戦争と称し、月と星の国を蹂躙する。窮地に追い込まれた明石達に、やがて訪れる奇跡とは!?

戦場と化した「三国ドロケイ」。星月（スタルナ）同盟は太陽の国によって壊滅寸前！　管制塔の奪還も、明石の救出も失敗に終わる。しかしその時、丑三、瞬、天谷の3人が戦場に舞い降りた！　救世主の出現で窮地を脱した明石。しかし、その代わりに仲間が囚われの身になってしまう。「三国ドロケイ」、命懸けの戦いは新たな局面に突入!!

「三国ドロケイ」最終決戦の地、「独離腐（ドリフ）寺」。ナツメグを助けたいという自分の気持ちに気付いた明石（あかし）は、仲間に勝負を託し、ナツメグの元に向かう。そして、丑三（うしみつ）と天谷（あまや）達は、リリィとの最終決戦へ！　無情の時は刻一刻と迫る！　三国ドロケイついに決着!!

最終選別（ラストゲーム）は、生と死が紙一重の「神罰ババ抜き」！　いくつかの「神罰」が明らかになる一方、ゲームのクリア方法は依然不明のまま……。オスメスの兇気が犠牲者を生み出す状況で、ついに語られるのは神小路かみまろの誕生秘話!!

最終選別（ラストゲーム）は「神罰ババ抜き」！　攻略の鍵は「助け合い」……のはずが、協調性皆無のかみまろ、オスメスの暴走が止まらない!!　「上がった奴は全員生き残り!!」。新世紀の神になる条件が明らかになり、残る神さま候補は10人！　運命の流れは誰に傾くのか!?

神の場所に辿り着いた天谷の目の前には謎の地球儀が。覗いてみると、そこには自分達が生きていた世界があった！　一方、「神罰（ジャッジメント）ババ抜き」プレイ中の瞬は、自らの命を懸けて、かみまろを道連れにしようとする。明石といちかの反対に心揺れる瞬。神殺しの舞台が整う時、瞬が選んだ選択とは!!?