苛烈さを増す珍種達の攻撃。なす術のない状況で、冴親（さえちか）の捨て身の策が発動した！　崩れゆく“エデン”の本拠地から『コード：ブレイカー』達を逃がすため、桜子（さくらこ）、虹次（こうじ）、雪比奈（ゆきひな）の三人が珍種に立ち向かう!!　逃げ延びた渋谷（しぶや）荘で珍種への完敗に打ちひしがれる『コード：ブレイカー』達。復活のきっかけは？　そして珍種に対抗する術は見つかるのか!?

輝望（きぼう）高校に珍種たちが転校してきた！　早速動き始めた珍種たちは、5カ所で大量殺人をすると予告。人々を試すため、凶悪犯罪者に死を与えるかどうか投票させる「天使の裁き」という残酷なゲームを始める。珍種の卑劣な企てを止めるため、大神（おおがみ）と桜（さくら）たちは輝望高校の体育祭で対決することに。自分たちより力で絶対的に勝る珍種に勝つための秘策とは……!?

人類の大量虐殺を目論む珍種達の手によって、200人もの凶悪犯罪者が渋谷の街に放たれた!!　大神（おおがみ）達『コード：ブレイカー』が助けに向かえば、姿を一般市民にさらすことになる。そのせいで行動を封じられた大神達は、どんな決断を下すのか!?　そして、対峙した『レゲエめがね』の口から語られる、大神が秘め続けた過去とは!?

珍種「レゲエめがね」との闘いを終え、一息ついたはずだった大神（おおがみ）だが、七魔が暴走。さらに消えたと思っていた『エンペラー』が再び姿を現した！　『エンペラー』が大神たちに語り出したのは、珍種たちが不死になった秘密と、その秘密のカギを握る最後の4傑は死んでいるという衝撃の事実!!　驚く大神たちに『エンペラー』は、墓あばきをけしかけるが、最後の4傑を掘り出した途端、禍々しい力が大神たちを襲う!!

「12月32日」の真実を突き止めるため珍種達と闘う大神（おおがみ）達は、4傑の一人、ゼドから彼等が不死だという秘密を聞かされ、その命を預かる。珍種達の命を還し、倒すための闘いの中で聞いたのは、12月32日を引き起こした黒幕は藤原（ふじわら）総理であり、珍種達の真の目的が「パンドラの箱（ボックス）」だという真実だった!!　急ぎ藤原総理の元へ向かった大神達だったが、「パンドラの箱」から虚無化の力が溢れ出し……!?

破壊の女王と化した桜（さくら）が操る虚無化の力が世界を飲み込む――!!　世界を救うか桜を救うか、選択を突きつけられる大神（おおがみ）。終末迫るなか、向き合う大神と桜の運命は……!?　そして「パンドラの箱（ボックス）」から最後に現れた“輝望”とは……!?　善悪を問い続けた“存在しない者”たちの物語、ついに完結！　コミックスでしか読めない、大幅に加筆した真のラストがここに！